我国既是当前世界上最大的棉花生产国和消费国，也是最大的纺织品和服装出口国，棉花在国民经济发展中具有重要地位。棉种是棉花生产的基础，其产业发展水平高低与棉花生产以及纺织业的发展息息相关。进行棉种产业纵向协调关系研究，为建立适应社会主义市场经济体制要求的棉种产业体系提供理论依据，从而提高我国棉种产业发展水平，增强国际市场竞争力。 我国棉种产业仍处于初级发展阶段，随着种子方面法律法规的不断建立和逐步完善，棉种产业主体呈现出了多种所有制结构和多种经济成分并存的局面，逐步确立了企业为主体的棉种产业组织形式，提高产业整体水平和国际竞争力成为我国棉种产业的发展趋势；当前棉种产业纵向协调机制主要包括科研企业型、企业科研型、科研企业联合型、中外企业合资型四种，以市场需求为导向的运行机制初步建立，企业行为逐步市场化，市场在资源配置方面的基础性作用逐步得到加强，但是，由于体制和机制等方面的原因，其组织形式和利益联结机制都有待于进一步完善：棉种企业采取了品牌、价格、品种和广告等不同的竞争策略，以求获取产业链各环节利益的最大化：政府的行政干预力度将逐步减弱，法律法规逐步建立和完善，积极的产业政策将在棉种产业纵向协调机制中发挥重要作用。 推进科研单位与种子企业联合是现阶段我国棉种产业纵向协调发展的有效模式，培育棉种龙头企业集团是今后的发展方向，同时，应加大科技投入力度，提高产业技术水平：深化改革、理顺体制：充分发挥政府的作用。