目的描述上海市男男性行为者（MSM）中HIV-1亚型多样性分布;探索三种主要亚型（CRF01_AE,CRF07_BC和B）与CD4+T细胞水平之间的关系;探索三种主要亚型（CRF01_AE,CRF07_BC和B）与病毒载量之间的关系;推断上海市MSM中CRF01_AE毒株和CRF07_BC毒株流行的最近共同祖先时间（t MRCA）。方法样本来源于2009-2013年由上海市疾病预防控制中心收集的新诊断HIV-1MSM感染者CD4+T细胞随访样本血浆,样本相关的临床指标信息以及人口学信息从相应的哨点监测和耐药数据库中获得。根据相关纳入标准选择新近感染同质样本作为本次的研究对象,对其进行HIV-1 RNA提取和pol区基因扩增从而获得研究对象样本序列。使用Mega6.0软件和HIV在线数据库对样本序列进行基因分型,使用RIP和Simplot软件对重组序列进行bootscanning分析确认,采用Beast1.8.1软件对CRF01_AE毒株和CRF07_BC毒株进行最近共同祖先时间（t MRCA）推断分析。人口学信息与亚型之间分析采用χ2检验或者fisher精确检验,2009-2013年亚型构成比变化趋势采用χ2趋势检验,不同亚型与CD4+T细胞水平和病毒载量关系分析采用非参数Kruskal-Wallis H检验,两两比较采用Bonferroni法。结果1265例上海市MSM HIV-1基因亚型以CRF01_AE（62.13%）为主,其次分别为CRF07_BC（24.51%）,B亚型（8.06%）,CRF55₀1B（3.24%）,CER67₀1B（0.95%）,CRF68₀1B（0.40%）,CRF08_BC（0.08%）,CRF59₀1B（0.08%）。在这五年中CRF01_AE毒株比例呈下降趋势且有统计学意义（χ²=18.416,P=0.001;Trend:χ²=8.713,P-trend=0.003）,CRF55₀1B毒株于2011年被首次发现,且在近三年有增加的趋势且有统计学意义（χ²=10.931,P=0.018;Trend:χ²=8.468,P-trend=0.004）。同时还发现了24例新的重组（URFs）（1.98%）,其中以CRF01_AE毒株/CRF07_BC毒株重组为主。贝叶斯时间分析推断最近共同祖先时间显示CRF01_AE毒株（1997年）进入上海MSM时间早于CRF07_BC毒株（2001年）,此外还发现CRF01_AE毒株存在3个流行簇（posterior=1.0）,其中一簇还出现了5个独立的亚簇（posterior>0.95）。CRF01_AE毒株感染者的CD4+T细胞水平低于CRF07_BC毒株感染者且有统计学意义（H=-97.326,P<0.001）,而CRF01_AE毒株感染者的病毒载量水平高于CRF07_BC毒株感染者且有统计学意义（H=41.245,P=0.001）。45岁以上的HIV-1感染者与25岁以下的HIV-1感染者相比,其CD4+T细胞水平较低（H=230.907,P<0.001）,而病毒载量较高（H=-54.848,P=0.024）。结论本次研究揭示了上海市MSM中HIV-1基因多样性,以及CD4+T细胞水平和病毒载量水平在HIV-1不同亚型间有差异,并首次推断了上海市MSM中CRF01_AE毒株和CRF07_BC毒株的最近共同祖先时间。提示我们应采取对MSM中HIV-1感染者的病毒多样性和流行传播簇的动态变化进行实时监测,及时追踪病人的CD4+T细胞水平和病毒载量水平以便更有效的评价HIV-1感染者疾病进展,可为HIV-1病毒的传播干预、HIV-1感染者或病人的抗病毒治疗以及疫苗的开发提供重要依据。