裂殖酵母全基因组范围内转录起始位点研究

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:vrace_zh
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真核生物的转录起始位点(transcriptional starting sites)对于鉴别其核心启动子(core promoter)区域以及进一步研究真核生物转录调控提供了重要的信息。  裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe作为一种重要的模式生物,其基因组的注解和转录组的研究已经取得了一些发现。然而在其基因表达调控中发挥重要作用的核心启动子区域的位置和结构仍然是一个未知的领域。核心启动子主要指转录起始位点附近100bp左右的区域,因此,在全基因组范围内研究裂殖酵母转录起始位点对研究基因表达调控具有关键的作用。针对这个问题,我们利用CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)技术并结合第二代高通量测序技术,在全基因组范围内捕获裂殖酵母转录起始位点,通过生物信息学的方法对得到的数据进行初步分析。  本文首先介绍了建立CAGE技术的工作,侧重于酵母细胞破壁及总RNA提取、RNA酶I的酶切条件以及短标签文库的构造三个部分的条件优化,使最终得到的CAGE文库的核糖体RNA含量小于10%,说明构建的CAGE文库在捕获转录起始位点方面高效性。此外,本文介绍了利用高通量测序技术对CAGE文库进行测序,并对其测序数据进行了初步分析的工作。77%的CAGE标签都比对到了基因的5’端,再次证明了转录起始位点数据库的高质量。此外,分析结果揭示了:与高等真核生物类似,裂殖酵母也存在宽峰启动子和尖峰启动子两种转录起始模式,并且大多数酵母基因都属于宽峰启动子类别;超过半数的酵母基因具有多个启动子;酵母中的反义链转录本也具有与正义链类似的两种核心启动子形状。本研究将为今后酵母及其他真核生物的转录调控研究提供重要信息。
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