MicroRNA是一类重要的小分子RNA,其在后转录阶段调控靶标基因的表达,识别microRNA的靶标基因是认识其调节功能的关键。由于传统的实验方法存在费时耗财等诸多问题,采用计算的方法则成为识别microRNA靶标基因的有效途径之一。目前虽然已研制了多个microRNA靶标基因的预测软件,但是预测软件的性能测评标准却各不相同。为此进行了microRNA靶标预测软件的测评及靶标基因特征分析的研究。首先针对microRNA靶标基因预测软件测评标准不一致的问题,采用了生物信息学研究中广泛使用的预测软件评价参数(敏感度、假阳性率、信噪比),在质量可靠的Tarbase数据集上测评了5个知名的microRNA靶标基因预测软件。测试结果显示预测软件的预测精度普遍偏低。对于保守基因的预测,敏感度最高为0.474,而对于非保守基因的预测,最高敏感度仅为0.332。根据各软件的预测结果和特点,进一步提出了使用microRNA靶标基因预测软件的基本建议。然后对microRNA靶标基因的转录特征进行了分析。基于Ensembl, Vega等注释数据库提供的基因注释信息,分析了Tarbase中靶标基因的可变剪切转录本数目的情况,发现靶标基因有非常显著的倾向转录多个可变剪切转录本,其p-value为1.43E-51。进一步分析了靶标基因与可变polyA位点之间的关联性,同样发现两者之间关联的统计结果具有显著性,其p-value为9.27E-25。分析结果显示靶标基因与选择性剪切机制相关。