线虫、酵母基因组中简单串联重复序列的统计分析和用离散量识别序列

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简单串联重复序列在真核生物基因组中广泛存在.对重复序列的研究,有助于揭示生物基因表达的较高层次上的调控机理.该文主要分析了线虫和酵母基因组中1-3核苷酸的串联重复序列,对比这样的序列在内含子、外显子和基因间序列中的分布情况,发现不同的重复模式在不同区域的重复特点各不相同,尤其是三核苷的重复在编码区和非编码区中的分布有显著的差异,在外显子中AAG模式的重复占优势,在内含子和基因间序列中AAT模式的重复占优势,CCG模式的重复在任何序列中均罕见.将离散量用于序列识别问题,如果把内含子、外显子、基因间序列看作三类序列,从这些序列中取64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数,计算三类序列的标准离散量,比较待测序列的离散量与三个标准离散量之间的离散增量值,由离散增量的最小值决定待测序列属于哪一类.结果表明,若以在相同长度区间的序列为标准离散源,预测相应长度区间的序列,对内含子的预测准确率在89﹪以上,对外显子预测准确率在94﹪以上,对基因间序列预测准确率在77﹪以上.
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