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为了掌握乌头(Aconitum carmichaeli Debx.)内生菌群落组成结构及其季节性变化规律,认识乌头内生菌与其宿主间的协同变化关系,为乌头这一药用植物资源的科学管理和进一步开发利用提供借鉴。本研究以处于不同生长时期的盆栽乌头植物体为对象,利用末端标记限制性片段长度多态性技术(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism, T-RFLP),分别测定处于不同生长时期的乌头内生细菌和内生真菌群落组成,计算其Patrick丰富度指数(S)、Shannon-Wiener多样性指数(H)和Pielou均匀度指数(J),研究其优势种类组成及其变化,并利用系统聚类和主成分分析(PCA)的方法探究处于不同生长阶段的乌头内生菌群落间的相似性关系。结果显示：1.综合三种限制性内切酶(Hha Ⅰ、Hae Ⅲ和Msp Ⅰ)对乌头根部内生细菌16SrDNA的酶切结果,共产生T-RFs片段1067个；根部内生细菌Patrick丰富度指数(S)总体变化趋势表现为逐渐降低,可以划分为1-5月与6-10月二个高低不同的阶段,进一步多重比较(Duncan, α=0.05)发现,1-5月乌头根部内生细菌丰富度显著高于6-10月(P<0.05),而1-5月间有显著的波动性变化(P<0.05),6-10各月份之间变化不显著(P>0.05)；Shannon-Wiener多样性指数(H)总体变化趋势类似于Patrick丰富度指数(S),但1-5与6-10各月份之间差异均不显著(P>0.05)；在乌头整个生长过程中,内生细菌总体多样性指数的波动性变化为：丰富度指数(CVs=0.1725)>均匀度指数(C巧=0.0935)>Shannon-Weiner指数(CVH=0.0896)；根据Hha Ⅰ、Hae Ⅲ和Msp Ⅰ酶切结果结合MiCA PAT+在线检测,初步筛选出了不同月份乌头根部优势细菌类群,分别属Microbacterium(微杆菌属)、Bacillus (芽孢杆菌属)、Clostridium(梭菌属)、Rhodococcus(红球菌属)、Stenotrophomonas (寡养单胞菌属)、Streptomyces(链霉菌属)、Clostridiaceae(梭菌科)、Deinococcus(异常球菌属)、Rhizobium(根瘤菌属)和Prevotella(普氏菌属)等。基于不同的内切酶,优势类群组成依月份变化表现为：对于Hha Ⅲ、Msp Ⅰ和Hha Ⅰ,10个月共有类群分别仅有1种,其酶切片段大小范围分别为72.5～74.5bp、98.5～100.5bp和464.5-466.5bp；但就每个月而言,分别有其不同的组成类群。2.综合三种限制性内切酶酶(Hha Ⅰ、Hae Ⅲ和Msp Ⅰ)对乌头根部内生真菌ITS的酶切结果,共产生T-RFs片段1130个；根部内生真菌Patrick丰富度指数(S)总体变化趋势表现为逐渐降低,可以划分为1-4月、5-6月和7-10月三个高低不同的阶段,进一步多重比较(Duncan, α=0.05)发现,1-4月间乌头根部内生真菌丰富度表现出波动变化(P<0.05),并与5月和6月差异显著(P<0.05),至7月丰富度指数显著降至最低(P<0.05),且7～10各月份之间差异不显著(P>0.05)；Shannon-Wiener多样性指数(H)总体变化趋势类似于Patrick丰富度指数(S),但6月份有所上升。在乌头整个生长过程中,内生真菌总体多样性指数的波动性变化为：丰富度指数(CVs=0.1953)>均匀度指数(C巧=0.1316)>Shannon-Wiener指数(CVH=0.0643)。3.乌头生长过程中,内生细菌与内生真菌的丰富度指数呈极显著相关关系(P<0.01),与内生真菌的Shannon-Wiener指数呈显著性相关关系(P<0.05)；内生细菌的Shannon-Wiener指数与内生真菌的丰富度指数呈极显著相关关系(P<0.01),与内生真菌的Shannon-Wiener指数显著性相关(P<0.05)。4.聚类分析和PCA分析结果表明,在乌头生长过程中,随着季节的变化,内生细菌和内生真菌群落结构都在发生着相应的变化。1-5月内生细菌群落结构变化比较明显,组成上有较大的差异,6-10月内生细菌群落结构相似性较高,没有明显的变化。1-5月内生真菌群落构变化比较明显,组成上有较大的差异,尤其是在第2主成分所代表的变量组成上有明显不同,6～10月内生真菌群落结构相似性较高,没有明显的变化。总之,1-5月内生细菌和内生真菌群落构变化都比较明显,在组成上有较大的差异,后五个月的内生细菌和内生真菌群落结构相似性较高,没有明显的变化。总之,乌头根部内生菌群落在1-10月生长过程中表现出了明显的时空变化特征,主要体现为上半年与下半年根部内生菌群落在种类组成(如优势类群和特有类群)、群落特征参数(如丰富度、多样性和波动性)和相关关系(如细菌与真菌内部及相互间)等方面有着不同的表现和变化,在环境变量受控条件下,这些变化与乌头植物体所处生长阶段有关,反映了乌头内在生理状态的月份变化,说明内生菌与乌头之间的系统变化关系。