长毛明对虾是我国上个世纪东南沿海重要的养殖、捕捞虾类。雌、雄个体在外观、大小、生长速率等方面差异明显，但雌、雄群体间遗传多样性差异的比较尚未有研究涉及。本研究利用FIASCO方法进行微卫星的开发，而后利用微卫星与AFLP技术，比较分析长毛明对虾雌、雄群体的遗传多样性。结果如下:　　运用FIASCO法对长毛明对虾微卫星文库进行富集，获得509个符合要求的微卫星序列，设计了209对引物，通过30个采自宁德的长毛明对虾野生个体进行分析，筛选到11个单态性位点，44个多态性位点，等位基因范围为3-7，平均为4.39;多态信息含量范围为0.121-0.794，平均值为0.5023;观察杂合度范围为0.0000-1.0000，平均值为0.3865;期望杂合度范围为0.1111-0.8129，平均值为0.4926。　　利用20对多态性引物对长毛明对虾雌、雄野生群体进行分析与比较。雌、雄群体的平均每位点等位基因数分别为4.25、4.55;平均观察杂合度分别为0.3335、0.3611;平均期望杂合度分别为0.5291、0.5407;平均多态信息含量分别为0.5532、0.5575。表明雌、雄群体的遗传多样性水平差异不大，且处于较低水平。雌、雄群体间遗传距离为0.2358，遗传相似度为0.7899，雌、雄群体内总体近交系数为0.3944，群体内固定系数为0.3343，群体间分化系数为0.0903。表明雌、雄群体间存在中等程度的遗传分化。在雌、雄群体中分别找到了24、30个特异的等位基因，8个等位基因的雌、雄等位基因频率比值大于5。　　利用10对选择性扩增引物组合对长毛明对虾雌、雄野生群体进行了分析与比较。在雌、雄群体各获得558、546个位点;雌、雄群体的平均多态位点百分率分别为65.38％、63.62％;雌、雄群体的平均每位点等位基因数分别为1.6538、1.6362;雌、雄群体的平均每位点有效等位基因数分别为1.1961、1.1891;雌、雄群体的Neis基因多样性指数分别为0.1264、0.1225;雌、雄群体的Shannon氏指数分别为0.2074、0.2013。表明雌、雄群体的遗传多样性水平差异不大，且处于较低水平，与使用微卫星方法得出的结论一致。雌、雄群体间遗传距离为0.0141，遗传相似度为0.9860，雌、雄群体内总体近交系数为0.1317，群体内固定系数为0.1245，群体间分化系数为0.0544。表明长毛明对虾雌、雄群体间存在中等程度的遗传分化，与使用微卫星方法得出的结论一致。在雌、雄群体中分别找到了78、65个特异的位点，49个位点的雌、雄位点出现频率比大于3，9个位点的频率比大于6。　　综上所述，长毛明对虾雌、雄野生群体的遗传多样性水平差异不大，且处于较低水平，群体间存在中等程度的遗传分化。