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中国鲎（Tachypleus tridentatus）是一种珍稀濒危的水生节肢动物。当其受到细菌尤其是副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）感染时会严重影响其正常的生理活动甚至导致死亡。许多研究表明，micorRNA(miRNA)作为一类生物体内非编码小RNA，其可参与动物免疫系统发育和功能调节，但目前与中国鲎免疫相关miRNA的研究尚未见报道。因此，对中国鲎miRNA的研究将有助于揭示其体内的免疫应答机制。 本文采用副溶血弧菌感染中国鲎，构建了其血细胞小RNA文库，对感染前后的血细胞小RNA文库进行了Solexa测序，并结合生物信息学方法分析其miRNA表达谱及表达差异。共获得537条miRNA，其中保守miRNA序列有397条，新发现的miRNA序列有140条，感染后共发现89条差异表达的miRNA(P≤0.05)。 采用荧光定量PCR技术对感染副溶血弧菌前后差异表达的miRNA进行了验证分析。结果表明，中国鲎在感染副溶血弧菌后，其体内的mir-745、miR-87和miR-305的表达量上调，而miR-10的表达下调。这些结果为进一步研究中国鲎miRNAs调控的先天免疫反应提供重要理论依据。 利用同源序列比对方法挖掘了中国鲎miRNA及其前体序列，共获得63条miRNA前体，其长度在46～102nt之间，这些前体包含49条成熟miRNA，其长度为19～23nt。同时分析了中国鲎重要miRNA家族与斑马鱼、小鼠、人类、黑腹果蝇等物种之间的保守性。结果表明，中国鲎与上述几种两侧对称动物存在miR-10、miR-219、miR-1和miR-190四个相同的miRNA家族，其前体序列具有高度的保守性。 使用miRanda和PITA预测软件对筛选出的ttr-miR-34-5p、ttr-miR-2b和ttr-miR-8-3p进行了靶基因预测和功能分析，发现ttr-miR-34-5p的靶基因功能主要与细胞内凝固抑制剂Ⅱ型、丝氨酸蛋白水解酶、血细胞转谷氨酰胺酶等有关;ttr-miR-2b的靶基因功能主要与HDID支架、精氨酸激酶、核糖体蛋白SA等11种相关蛋白有关;ttr-miR-8-3p调控的靶基因功能较为广泛，涉及到细胞组分、分子功能和生物学过程三大类。 本研究首次获得中国鲎血液miRNA转录组图谱，靶基因预测若干作用于鲎免疫因子的miRNA。本研究获得的miRNA为后续开展miRNA在中国鲎各种生理活动中的调控机理研究奠定了基础。