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凡纳滨对虾具有抗逆能力强、抗病能力强、生长速度快、繁殖周期长等优点,是我国对虾养殖的主要品种之一,养殖环境与对虾生长密切相关。2018年5-7月在上海市奉贤区某养殖专业合作社采集养殖塘水样、底泥和虾肠道,对虾龄为46和86 d的凡纳滨对虾肠道以及养殖水体、底泥中的微生物群落进行分析,研究结果解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。2019年6-9月在上海玉叶虾业合作社开展养殖全过程水质监测,每7天采集1 次水样,检测T、pH、溶解氧、TN、NO2--N、NO3--N、TAN、TP、AP和叶绿素a等11项指标;在养殖第73、93和109天时同时采集底泥和虾,对底泥和虾肠道微生物进行分析,探究健康和发病对虾塘中底泥和对虾肠道微生物的差异性。主要结果如下:1.2019年度的凡纳滨对虾养殖过程中,所测得水质指标基本上符合凡纳滨对虾的生长所需。pH、TP、TN、NO2--N和NO3--N在4个实验塘中出现显著性差异（P<0.05）,其中3号塘的多个因子与其他3个塘差异显著,3号塘的pH显著低于1、2、4号塘,TN、NO2--N和NO3--N显著高于3个塘。2. 用Illumina测序平台,基于16Sr RNA基因的测序结果得出:86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d,水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和虾肠道;有35个门、71个纲、155个目、274个科以及277个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到,其中虾肠道和底泥间共有菌类较水体中更多。微生物群落随养殖时间发生变化,46 d与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6（P<0.05）,相对丰度随时间增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群:在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲,除此以外,虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲,从目、科、属的分类水平上看,水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异,鲜有明显重叠的优势菌类,在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位,水样中优势属为hgc I＿clade,底泥和虾肠道中优势属为ambiguous＿taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。3. 对养殖第73、93和109天的养殖塘底泥和对虾肠道样本进行高通量测序,进行alpha多样性指数分析和群落结构分析。Alpha多样性指数分析得出,Chao1、Obseved Species、Shannon-Wiener和Simpson指数在底泥中显著高于虾肠道（P<0.05）,表明底泥中微生物群落多样性更大。在底泥和虾肠道中,3大优势门均为变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;底泥中的优势纲为γ变形菌纲、拟杆菌纲和δ变形菌纲,虾肠道中的优势纲为拟杆菌纲和梭状芽胞杆菌;底泥中优势属为MND1、硫杆菌属、螺杆菌属和拟杆菌属,虾肠道中的优势属有螺杆菌属、拟杆菌属、粘液性细菌、双歧杆菌属、乳杆菌属、Lachnospiraceae＿NK4A136＿group、乳球菌属和气单胞菌属。健康和发病塘的底泥和虾肠道样本中的差异菌群（P<0.05）为:在门水平上,底泥中的绿屈挠菌门、铁还原杆菌门、芽单胞菌门、匿杆菌门、硝化螺旋菌门和河床菌门以及虾肠道中的拟杆菌门在发病塘中含量显著高于健康塘,底泥中的拟杆菌门、梭杆菌门和螺旋体门以及虾肠道中的梭杆菌门、变形菌门、铁还原杆菌门和Epsilonbacteraeota在发病塘中显著低于健康塘。其中铁还原菌门、拟杆菌门和梭杆菌门在底泥和虾肠道均出现了显著性差异。在纲水平上,γ变形菌纲和拟杆菌纲在健康和发病的底泥和虾肠道中均出现了显著性差异。在属水平上,底泥和虾肠道中的气单胞菌属和螺杆菌属在健康和疾病塘中均出现了显著性差异。造成凡纳滨对虾疾病发生的原因可能是,致病菌拟杆菌属和螺杆菌属含量分别在肠道和底泥微生物中的增高,以及环境中益生菌双歧杆菌和黄杆菌属的不足,建议在养殖过程中适当添加益生菌。