随着马铃薯（Solanum tuberosum L.）大面积的种植,马铃薯病害也日益严重。本论文以感病和健康的马铃薯根际土壤及植株为研究对象,分析马铃薯根际土壤及植株在感病前后细菌和真菌群落结构的变化,分离鉴定健康马铃薯植株的内生菌,并鉴定其功能特性,为开发微生物菌肥提供优良的菌种资源。取得如下结果:1.本研究通过六种培养基（HP、AV、M12、M13、SC和M2）,分别从健康马铃薯植株叶、茎和根际土壤中分别分离出26、21和23株细菌,其隶属于29个属,其中对菌株MLS-26-JM13-11^T的16S rRNA基因序列分析后,结果表明该菌株与鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）内的有效发表种最高相似度为96.7%,初步判断其为鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）的疑似新种,因此对其进行了进一步的系统分类学研究。2.通过多相分类学研究结果表明:菌株MLS-26-JM13-11^T为鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）的一株新种,主要结论为:菌株MLS-26-JM13-11^T的正常生长温度范围为10–39℃（其最适温度为30℃）,PH值为6.0⁹.0（最适pH 7.2）和生长的盐浓度是0⁴.0%(_W/V)[最适1.0%(_W/V)]。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明:菌株MLS-26-M13-11^T与S.bambusae KCTC 22814^T,S.griseoflavum SCU-B140^T两株菌聚类在一起,表明他们之间存在稳定的近缘关系。通过对菌株MLS-26-M13-11^T的16S rRNA基因序列的比对分析,菌株MLS-26-M13-11^T与S.bambusae KCTC 22814^T,S.griseoflavum SCU-B140^T相似度为95.9⁹7.0%。其主要细胞脂肪酸为iso-C_15:0,summed feature 3(C_16:1ω7c and/or C_16:1ω6c)and iso-C_17:07:0 3-OH.。菌株MLS-26-JM13-11^T主要极性脂:磷脂酰乙醇胺（phosphatidylethanolamine,PE）;4种未知磷脂（PL,phospholipid）,6种未知的脂质（L,unidentified lipid）,1种未知的氨脂质（AL,aminolipid）,1种鞘氨醇磷脂（SPL,aminolipid）,2种未知的氨磷脂（APL,unknown aminophospholipid）,其呼吸醌主要成分为MK-7,其G+C含量为42.6 mol%。此外,通过全基因组图结果表明:菌株MLS-26-M13-11^T与S.bambusae KCTC22814^T的平均核苷酸同源性（ANIb）和DNA杂交值低于其物种分化阈值。根据表型、基因型和系统发育的表明,菌株MLS-26-JM13-11^T（=ACCC 60057^T=JCM32274^T）为鞘氨醇单胞菌属（Sphingobacterium）的一株新种。其命名为Sphingobacterium solani sp.nov。3.本研究运用Miseq Illumina第二代高通量测序技术探究健康和感病马铃薯植株不同部位主要微生物群落多样性及类群丰度的变化,结果表明:从18个马铃薯样品中获得743个细菌分类操作单元（OTU）和918个真菌OTU,其中,变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）是优势细菌,其相对丰度共占93.29%⁹7.93%;担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和接合菌门（Zygomycota）是优势真菌,其相对丰度共占74.13%⁹8.36%。马铃薯（茎、根和根际土壤）细菌和真菌群落物种丰富度和多样性的变化因马铃薯炭疽病病原菌的侵染而有显著变化,感染炭疽病的马铃薯（茎、根和根际土壤）减少了细菌的群落丰富度和多样性,尤其是有益细菌群落的丰富度和多样性显著降低;而真菌群落的丰富度和多样性显著增加了。4.本研究从143株细菌中,筛选出对马铃薯晚疫病病原菌（Phytophthora infestans）和对球炭疽菌（Colletotrichum coccodes）具有明显拮抗效果的菌株分别9和10株,其中对这两种病害都具有明显拮抗效果的菌株有6株,其抑制率最高的达72.00%,并初步研究了它们的功能特性。