人CYP2D6基因编码区遗传多态与云南省间日疟复发的关联性分析

来源 :大理大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:walkonair
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研究目的:通过分析细胞色素P450超家族成员2、D亚族的6多肽(Cytochrome P450,family 2,subfamily D,polypeptide 6,CYP2D6)基因编码区的遗传多态性,初步了解云南省间日疟患者的CYP2D6基因突变多态,并在此基础上进行酶活性预测以及对云南省间日疟复发受CYP2D6基因突变影响的关联性进行初步揭示。研究方法:收集云南省2014~2020年间经“氯喹/伯氨喹八日疗法”治疗的间日疟病例血样。通过流行病学和基因序列比对确定间日疟疑似复发(Suspected relapsed cases of vivax malaria,SR)和未复发(Non-relapsed cases of vivax malaria,NR)病例组。采用聚合酶链反应(PCR)扩增人基因组中的CYP2D6基因,并对扩增成功的产物进行测序。将测序获得的CYP2D6基因序列与非突变参考序列进行比对确定测序的正确性和9个外显子区域。人工截取9个外显子的DNA序列、并拼接成DNA编码区序列(coding DNA sequence,CDS),该链默认为母体(maternal)CDS链,父体(paternal)CDS链根据测序峰图调整碱基信息而得。用Dna SP 6.11.01软件识别CDS链的突变多态、单倍型等。参照“人类细胞色素P450等位命名委员会数据库”标准命名CYP2D6基因的单倍型(等位基因),并以双倍体基因型预测CYP2D6酶活性。用IBM?SPSS?21软件分析所有CDS链的突变位点、等位形式、基因型与间日疟复发的比值比(odds ratio,OR)。结果:共获得长度为1491bp的母体(maternal)CDS链326条。所有652条母体、父体(paternal)CDS链中共检出12个突变位点,c.1457 G>C位点突变在间日疟疑似复发病例组和未复发病例组均为检出最多,分别为81.2%(112/138)和68.5%(352/514);c.271、c.281、c.294、c.505、c.408、c.1457等6个位点突变与间日疟复发的关系最为密切。23种单倍型(Hap_1~Hap_23)中,Hap_3为非突变型,Hap_9的序列结构最复杂;11种为已知等位,可合并为*1、*2、*4、*10和*39等5种星等位基因,且检出最多等位形式为*10等位(45.1%,294/652);*1等位在未复发组中检出率显著增高(x2=10.484,P<0.05),而*39等位在疑似复发组检出率显著高于未复发组(x2=19.188,P<0.05),*4等位仅在疑似复发组检出(P<0.05)。326例间日疟患者共定义了10种可准确命名的基因型,其中除酶活性完全丧失基因型*4/*4仅在疑似复发组中出现外,其余9种基因型在两组病例中均有检出,酶活性降低基因型*10/*10在两组病例中均为最常见的基因型分别为27.6%(19/69)和26.5%(68/257),但差异不具有统计学意义(x2=0.032,P>0.05);酶活性正常基因型*1/*1在未复发组的检出率显著高于疑似复发组(x2=8.096,P<0.05),而基因型*10/*39则在疑似复发组的检出率更高(x2=8.851,P<0.05),相较于其他基因型对间日疟复发的风险增加了8.063倍。Tajima’s中性检验检验结果表明,Tajima’s D中性检验值为0.42819(P>0.10),且D值波动性较大,说明所研究CYP2D6全基因编码区序列检出的突变不属于定向选择压力下的非中性突变,Ka/Ks比值为2.9大于1,说明研究序列非常活跃、错义突变率高于同义突变率、正向多元选择的效应较强。结论:在云南省伯氨喹暴露人群中,c.1457、CYP2D6*10以及*10/*10分别为CYP2D6基因最常见的突变位点、等位基因以及基因型;c.271、c.281、c.294、c.408、c.505、c.1457位点突变及其参与组合构成的*4等位与间日疟复发发生的关系最为密切,且酶活性完全丧失的基因型*4/*4仅在间日疟疑似复发患者中出现,提示云南疟区人群中可能存在因CYP2D6酶活性受损导致的伯氨喹根治间日疟疗效降低的风险。
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