随着特高通量DNA测序技术的出现，微生物基因组DNA序列的积累超出了当前注释这些数据的能力范围，基因组注释不可避免地要依靠完全自动的注释流水线，从而导致并传播相悖的和错误的基因注释。为了能更好地理解完整的基因组，我们需要知道基因组注释究竟可靠到什么程度。在没有实验室实验验证这些计算分析结果时，我们是不可能得到确切答案。然而，越来越多积累起来的有关已知蛋白质的信息可以帮助我们推断基因注释的准确性，并对目前基因组注释流程带来的问题建议可能的解决途径。本论文以氧化葡糖杆菌Gluconobacter oxydans621H为研究对象，它可以通过氧化发酵不完全氧化碳水化合物并可用于生产维生素C。Gluconobacter oxydans621H的染色体由2.7M碱基对组成，GC含量为61%。本文比较分析了由三种广泛使用的自动注释流水线（IMG，RAST，JCVI）对该基因组的注释，结果表明，这三种注释对蛋白质编码基因的标示显示了较高的一致性，但是差异也是显著的。最显著的区别是基因注释中有大量的编码基因（670）是部分一致的（终止位点相同但起始位点却不同）。这是细菌基因组注释中遇到的普遍问题，我们制定了一套经验规则对BLAST结果进行分类来推测编码基因正确的起始位点。基于同源性策略，最终有247个基因可以找到证据支持从多个选择的起始位点中推测到正确的那一个。三种注释服务器总共预测到的2787个蛋白质编码基因中有1686（60%）个基因是完全一致的，即这些基因在所有服务器的注释中都是完全相同的基因组序列位置。另一方面，有431（15%）个基因是完全不一致的，即至少有一个服务器没有预测到。通过蛋白质同源性和基因保守域特征检验这些预测基因，我们估计三个服务器IMG、RAST、JCVI最低限遗漏的基因数分别为65，15，18。