【摘 要】
:
单分子检测技术不仅可以定量观察并测量生物大分子的作用方式,而且能够提供生物分子结构和功能的基本信息。单分子技术主要分为两类:一是基于力学的单分子技术,二是基于光学的单分子技术。本研究主要使用基于光学的单分子技术,开发了基于单分子技术的荧光显微成像平台,并探索了其在核糖开关折叠动力学分析和便携式快速检测中的应用:首先设计并构建了基于全内反射显微成像的单分子荧光能量共振转移(single molecu
【基金项目】
:
国家自然科学基金(31522056); 国家科技支撑计划(2015BAD12B01-7); 南京农业大学中央高校基本业务费;
论文部分内容阅读
单分子检测技术不仅可以定量观察并测量生物大分子的作用方式,而且能够提供生物分子结构和功能的基本信息。单分子技术主要分为两类:一是基于力学的单分子技术,二是基于光学的单分子技术。本研究主要使用基于光学的单分子技术,开发了基于单分子技术的荧光显微成像平台,并探索了其在核糖开关折叠动力学分析和便携式快速检测中的应用:首先设计并构建了基于全内反射显微成像的单分子荧光能量共振转移(single molecule Fluorescence Resonance Energy Transfer,smFRET)测量平台,并利用该平台开展了对ydaO核糖开关及其折叠动力学的研究,探索了ydaO核糖开关的工作机制;之后,开发了基于荧光信号探测的便携式快速单分子检测系统,通过对单个纳米磁珠体系的荧光成像,实现了对汞离子的精确检测,探索了单分子检测技术在现场检测领域的应用。smFRET技术可以对蛋白质及RNA构象开展高精度的定量分析,然而目前尚没有商业化的smFRET系统。为了开展对于ydaO核糖开关折叠动力学的分析,本工作结合样品微流通道的制备、单分子荧光显微成像系统的构建和单分子荧光信号处理软件的设计,开发了基于全内反射显微成像的smFRET测量平台。该测量平台可以实现对于双波长荧光信号的实时成像与采集,成像分辨率可以达到2.2微米,接近衍射极限;在采集帧率为每秒10幅时,其信噪比可以达到26.8 dB,因此该平台能够实现高灵敏度、高分辨率的荧光信号采集。另外结合软件系统,该测量平台可以实现对于双荧光视场的校准、单分子时序信号的提取以及统计与拟合。该平台的成功构建能够为ydaO核糖开关折叠动力学的研究提供重要的技术基础。使用基于全内反射显微成像的smFRET测量平台,本工作开展了对枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis,B.subtilis)ydaO核糖开关的折叠动力学机制研究。首先结合ydaO核糖开关荧光标记位点的设计、片段的纯化和连接,实现了全长目的ydaO核糖开关供体及受体荧光的双标记。进而基于smFRET信号的采集与分析,定量研究了 ydaO核糖开关中三个关键结构域(两个环二腺苷酸(cyclic diadenosine monophosphate,c-di-AMP)结合位点和一个假结)的构象变化对Mg2+,c-di-AMP和配体类似物ATP浓度的动态响应。研究表明当无配体、有配体以及有配体类似物存在时,ydaO核糖开关存在四种关键构象。另外结合动力学分析,证明结合位点1作为可用于第一个c-di-AMP配体的结合支架,进而有利于结合位点2识别第二个c-di-AMP;高浓度的配体促进了假结形成过程中中间FRET状态的形成;有争议的c-di-AMP类似物ATP可诱导不同RNA构象之间的快速转变(时间小于1s),证明ATP可以结合这种核糖开关基序,但不是主要配体。该基于smFRET的ydaO核糖开关折叠动力学研究为ydaO核糖开关工作机制的探索提供了重要的参考。单分子技术不仅能够对核糖开关等生物大分子开展高精度的定量分析,而且其具有灵敏度高、特异性好、耗样量少和准确性好等优点,在检测中具有广阔的应用前景。为了探索单分子技术在便携式快速检测中的应用,本工作结合基于智能手机的显微成像系统和用于荧光信号识别与分析的智能手机应用,开发了基于荧光信号探测的便携式快速单分子检测系统:通过对单个纳米磁珠体系的荧光成像,该系统不仅可以实现高度特异的汞离子检测;而且其检测限仅为1 nM,并在1 nM和1 μM之间单个荧光信号强度之和与汞离子浓度具有良好的线性关系,证明该便携式快速单分子检测系统能够实现对于汞离子高精度、高灵敏度的定量测量。另外,结合3D 打印,该检测系统尺寸仅为170 mm(长)×113 mm(宽)×168 mm(高),并且无需外部电源,因此该便携式快速单分子检测系统有望应用于现场检测中。本工作在开发基于单分子技术的荧光显微成像平台的基础上,分别探索了其在核糖开关折叠动力学分析以及便携式快速检测中的应用。本工作相关方法和结论可为基于荧光探测的单分子技术的发展及其在生物大分子机制研究与检测中的应用提供有益的参考。
其他文献
土壤盐渍化是一个全球性问题,对生态环境和农业生产带来了巨大的负面影响。盐胁迫导致植物生长发育迟缓,由此引发多种生理反应。植物形成各种生理、细胞和遗传机制使其在高盐胁迫下得以生存,其中包括SOS(Salt overly sensitive)系统、植物激素、抗氧化防护系统、渗透调节物质和膜脂信号等。植物磷脂酶D(Phospholipase D,PLD)是磷脂代谢和应答非生物胁迫的重要酶类。PLD及其水
植物为了适应土壤中不同且变化的营养状况而长期进化产生出灵活和复杂的调控机制。由于土壤环境中矿质营养使用效率直接影响作物的产量和品质,因此对植物矿质元素吸收、转运、分配和利用的稳态分子调控机制需要从多角度深度解析。目前研究主要以转录因子为中心的转录调控为主,而对可变剪接介导的转录后水平调控的功能基因组研究比较欠缺,甚至被低估。可变剪接不仅丰富了蛋白质多样性,而且可以通过转录后调控机制调控基因表达,从
褐飞虱(Nilaparvata lugens Stal)是危害水稻的主要害虫之一,在亚洲稻区频繁爆发。除了直接刺吸植物茎秆汲取营养、产卵为害外,褐飞虱导致的水稻病毒传播更造成了进一步为害。长期以来,很多种类的杀虫剂被用于防治褐飞虱,包括有机磷类、氨基甲酸酯类、苯吡唑类、噻嗪酮、吡蚜酮和新烟碱类杀虫剂。然而,褐飞虱对众多杀虫剂产生了一定水平抗性,使得化学防治效果受到严重威胁。醚菊酯是一种非酯键的拟除
3-氨基-1,4-二甲基-5H-吡啶并[4,3-b]吲哚(中文简称色氨酸-P-1,英文简称Tryptophan-P-1),是一种广泛存在于肉制品中的杂环芳胺类化合物,被国际癌症研究机构(IARC)认定为2B类致癌物,具有很强的致癌性和致突变性。色氨酸-P-1的减控对于肉制品的安全性极为重要。现有的色氨酸-P-1减控的方法主要包括:控制烹调时间/温度、加入其他物质减少色氨酸-P-1生成,使用色氨酸-
根际的有效定殖是植物根际促生菌(Plant growth-promoting bacteria,PGPR)发挥促生和拮抗功能的前提,而生物被膜形成能力的强弱是根际定殖的关键。芽孢杆菌生物被膜的形成受多种环境因素诱导。已知环境缺氧信号可刺激芽孢杆菌生物被膜形成,但具体的信号识别和调控机制并不清楚。解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)SQR9是本实验室从黄瓜种植发病区
The biofuels are receiving considerable attention as a substitute for petro diesel.For microalgae,the cell density or biomass and lipid contents are key components for biodiesel production.This study
双孢菇是世界上栽培最广、消费最普遍的食用菌,其营养丰富,具有高蛋白、低脂肪、低热量的特点并含有多种生物活性物质。然而,双孢菇采后极易腐烂变质,特别是含有大量多酚氧化酶(PPO)易引起褐变、风味劣变及营养损失。采用抑酶处理和脱水干燥加工能够延长双孢菇保存期且便于贮运,对缓解产销矛盾具有重要意义。低频热超声与微波真空干燥(MVD)为具有显著优势的抑酶预处理和脱水加工技术,其中前者对双孢菇物料的微观结构
一套完善的单倍型基因组对于物种在重测序,进化,基因功能研究等方面具有非常重要的意义。然而对于一些高度杂合且含有大量重复序列的基因组,例如梨,其单倍体基因组组装无疑是一个难题。此外,梨自交不亲和机制的存在也限制着后续的农业生产。本研究首先利用梨花粉单细胞基因组信息将之前梨基因组的38,304条细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome,BAC)序列分配到两套独立的
多肽信号在植物的生长发育过程中发挥重要的作用。快速碱化因子是富含半胱氨酸的多肽,参与植物的许多生长发育过程。本研究主要以‘砀山酥梨’花粉为材料,研究了 RALF多肽对梨花粉管生长的调控及分子机制,主要结果如下:1、从梨基因组中筛选得到24个PbrRALFs家族基因,根据系统发育分析,24个PbrRALFs被分为4个亚家族。复制模式分析表明全基因组复制事件(WGD)是梨RALF家族基因扩张的主要驱动
A型流感病毒(Influenza A virus,IAV)属于正黏病毒科(Orthomyxoviridae)甲型流感病毒属,其致病性因亚型和宿主类型各异。研究指出急性肺损伤和细胞因子风暴是流感病毒导致人类和动物发病死亡的重要原因,但缺乏对其致病机制的研究。Nedd8介导的类泛素化修饰称之为Neddylation,几乎参与所有细胞内的调控过程,并且越来越多的蛋白底物被证实可以被Nedd8修饰,其中包