完善现代大学制度、提高大学治理有效性,是我国高等教育发展的当务之急。但当前我国高校治理重心偏高,权力仍然集中于学校层面的现实,使得大学发展面临着原动力不足的挑战,与实现教育治理体系和治理能力现代化的时代要求相背离。因此,改革大学校院两级管理结构、推动大学治理重心下移,实现从“校院两级管理”向“院为实体”转变,已经成为探索我国大学新型校院关系、释放院系办学活力、提高校院两级治理效益的关键。不仅有利于完善我国高校现有内部运行体制,更是提高大学治理有效性,实现“双一流”建设目标的有效路径。本研究以探索校院纵向权力划分为抓手,运用文献研究法、访谈法以及案例研究法开展研究。在论述校院纵向分权治理历史变革的基础上,以上海交通大学由“校院两级管理”到“院为实体”改革的转变为切入点,重点分析上海交通大学在不同阶段的改革举措与改革成效,并对校院纵向分权治理的变革进行机理分析,思考改革可能存在的问题及其后果,为国内校院纵向分权治理改革提供完善思路。首先,研究阐述了在大学内部治理中,权力划分的研究重心呈现出从横向分权向纵向分权转变的趋势。其次,在上海交通大学校院纵向分权治理的变革中发现,改革表现出一种“间断—均衡”的演变特征,即长期连续性稳定变迁中伴随着短期非连续性的急剧性变迁。在此基础上,重点梳理上海交大“院为实体”改革的发展历程,通过对综合预算改革、协议授权、人事制度改革等一系列扩大并落实学院办学自主权的改革举措进行研讨,尝试分析上海交大从“校院两级管理”到“院为实体”的变革逻辑。然后,运用集权与分权治理理论阐释大学内部集权与分权治理的差异以及二者的辩证关系,得出兼顾集权与分权治理是提高治理有效性的最佳路径的结论。又借助于路径依赖、“内卷化”、“间断均衡”等理论,对校院纵向分权变革的机理展开论述。最后,研究发现当前我国校院纵向分权治理变革表现出大学权力“有限下移”与学院“承接乏力”并存的问题,也可能存在因校院过度分权而导致集权与分权失衡,产生“碎片化”管理问题;“学院至上”导致权力滥用,滋生腐败;学院间“各自为政”,阻碍跨学科共同体的建立等。基于此,提出四点对策建议:第一,兼顾集权治理与分权治理,实行放管“两手抓”策略;第二,遵循渐进性改革方式,差异化放权原则;第三,完善制度建设,明晰校院责权划分;第四,促进学院间多维互动,实现学科交叉融合。