利用基因组学筛选胃癌相关基因的初步研究

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目的:利用基因组学筛选胃癌相关基因,分析其在胃癌及癌旁组织中的表达水平与患者临床病理参数存在的关系,探究新的胃癌肿瘤标志物,为胃癌诊断提供新的方向。方法:1、本研究利用GEO数据库及TCGA数据库分析胃癌组织及相应癌旁组织的全基因表达谱。发现一些新的基因,如:α-1-酸性糖蛋白(ORM1)、II型跨膜丝氨酸蛋白酶(HPN)、尿苷磷酸化酶(UPP1)、非转移性黑色素瘤糖蛋白B(GPNMB)。这些基因在胃癌及癌旁组织中可能有表达差异。2、选取2017年3月-2018年9月我院胃肠外科确诊胃癌并住院手术的56例患者纳入实验。利用实时荧光定量PCR检测ORM1、HPN、UPP1、GPNMB在胃癌及癌旁组织中mRNA的表达差异。3、收集患者临床资料,包括年龄、性别、肿瘤直径、肿瘤T分期、分化程度、淋巴转移及肿瘤TNM分期等信息,进行统计分析,探讨ORM1、HPN、UPP1、GPNMB的表达与患者的临床资料之间存在的关系。结果:1、利用基因组学从GEO数据库及TCGA数据库筛选得到49个在胃癌中高表达基因,65个在胃癌中低表达基因。2、实时荧光定量PCR分析四个基因在56对胃癌及癌旁组织中的表达情况。与癌旁组织相比:GPNMB在胃癌组织中40例高表达,16例低表达,差异具有统计学意义(P<0.01),表明GPNMB在胃癌组织中高表达;ORM1在胃癌组织中45例低表达,11例高表达,差异具有统计学意义(P<0.01),表明ORM1在胃癌组织中低表达;HPN在胃癌组织中49例低表达,7例高表达,差异具有统计学意义(P<0.001),表明HPN在胃癌组织中低表达。UPP1在胃癌组织中39例高表达,17例低表达,差异无统计学意义(P>0.05),表明UPP1在胃癌组织中无表达差异。3、根据实时荧光定量PCR结果,结合患者临床资料分析,GPNMB在胃癌组织中高表达(P<0.01),与胃癌T分期呈正相关(P<0.05),即胃癌T分期越晚,GPNMB在胃癌组织中表达量越高,但其表达与年龄、性别、肿瘤直径、分化程度、TNM分期及淋巴结转移无相关性。ORM1在胃癌组织中低表达(P<0.01),其表达水平与性别相关(P<0.05),而与年龄、肿瘤直径、分化程度、TNM分期及淋巴结转移无相关性。HPN在胃癌组织中低表达(P<0.001),HPN的表达水平与年龄、性别、肿瘤直径、分化程度、TNM分期及淋巴结转移均无相关性。结论:1、利用基因组学可以在胃癌及癌旁组织中筛选出表达差异基因。2、GPNMB在胃癌组织的表达高于癌旁组织,且与肿瘤局部浸润有关,可能在胃癌发生、发展中发挥一定的作用。3、ORM1、HPN在胃癌组织的表达低于癌旁组织,可能在胃癌的发生、发展中发挥一定的作用。4、UPP1可能与胃癌发生、发展无关。
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