经过改革开放后二十多年来的快速发展，证券投资基金行业正处于转型发展的关键时期，原有的公募基金管理行业正受到来自证券公司、保险资产管理公司以及私募股权基金和信托业的挑战，作为拓展公募基金公司资产管理业务的专户管理子公司刚刚诞生，面临着诸多潜藏的风险，公司经营和发展存在不确定性，建立健全完善的基金管理公司子公司内部控制体系对子公司未来的发展具有重要意义。本论文以W基金管理公司子公司为例，通过COSO内部控制整体框架理论系统性的分析了W基金管理公司子公司的五大内部控制要素，并重点运用PEST外部宏观环境分析模型识别W基金管理公司子公司外部经营风险；根据子公司传统的公司治理组织结构，分业务线归纳了公司内部合规风险，最终探索构建完善、有效的专户子公司内部控制制度及体系。完善的基金管理公司子公司内部控制体系有助于减少特定客户资产管理业务各个环节的运行风险，保障投资者权益，促进资产管理行业健康、稳步发展。并为行业的内控立法及内控标准提供实践参考，同时检验COSO内部控制整体框架理论的普遍性。