作为21世纪学科综合与技术整合的成果,合成生物学开启了“人造生命”的新纪元。在能源、医疗、材料、食品等社会领域,合成生物学具有广泛的应用价值;在生命科学、自然哲学等基础领域,合成生物学的研究意义更加重大。本文认为合成生物学经过多年发展,已经不再仅仅是系统生物技术的三大基础方法之一,合成生物学“建物致知”的新进路也不同于系统生物学“自上而下”与“自下而上”的传统进路。合成生物学具备独有的学科特征,新进路也提供了不同的哲学价值。新进路为本体论提供的价值是,为理解生命体提供了一种创造性的途径,对实现人类关于生命本质规律的了解和自身的解放具有积极意义;为认识论提供的价值是,实现了科学对自然和生命的“解释的转向”——从“被动的描述性的分析”转向“主动的建构性的综合”,为理解生命的本质提供了新的见解;为方法论提供的价值是,引入了“主动”、“综合”、“建构”、“创造”、“实践”等先进理念,为实现生命科学探究生命真相的目标提供了坚实的知识与技术基础。然而,新进路也引发了相关的哲学问题。在本体论上,“人造生命”及其他干预自然进化的行为使人类如何定义生命体,如何看待人类与自然的关系;在认识论上,新进路是否符合“本体论综合”的观点;在方法论上,新进路面临的技术风险、生物安全如何控制,知识与技术难题如何解决?对此,本文引入建构的结构实在论的视角,从而为新进路引发的哲学问题提供了解决问题的理论基础和辩护路径;新进路则印证了建构的结构实在论的基本观点,为后者提供了丰富的生物学例证以及方法论的新角度和认识论的新发现。在本体论的问题上,“建物致知”的新进路与建构的结构实在论一样,对实体持开放的、历史的、理性的、综合的、客观的看法,生命体的定义不是预设的或一成不变的,而是“本体论综合”的结果。人类在改造自然、创造生命的过程中,就已经建构和重构了人类与自然及人造生命的关系。在认识论的问题上,新进路在对生命体结构功能知识深刻理解的基础上的理性设计、合成与控制,是在认识论上确立了结构知识的优先性,新进路为生命体及生命概念提供了一种合理、进步、综合的路径,符合“本体论综合”与“经验约束”的观点。在方法论的问题上,新进路融合了“学科综合”、“技术综合”和“知识综合”的优势,其面临的知识与技术难题,可以由各学科领域的专家通过合作、协商的方式解决。