目的：通过对新疆42家公立维吾尔医医院近5年的发展概况进行问卷调查与评价，分析和探索制约维吾尔医医院在激烈的市场竞争中发展缓慢的瓶颈及原因，有针对性的提出相应的对策与建议，为新疆维吾尔医医院的可持续发展提供科学的佐证。方法：采用整群抽样的方法，将新疆42家公立维吾尔医医院作为研究对象，使用EpiData3.1和DEAP2.1软件对数据进行处理。用构成比对维吾尔医医院的人力资源现状进行统计描述，用定基比对维吾尔医医院的经济运营情况进行统计分析，用数据包络分析法对不同地区维吾尔医医院的医疗服务效率进行评价。结果：（1）基本情况：地域分布不均衡，在42家公立维吾尔医医院中，76%的维吾尔医医院分布在南疆，北疆和东疆两地仅占24%，北疆地区虽然仅有6家维吾尔医医院，但集中了较多的优势卫生资源，南疆地区的维吾尔医医院在数量上占了很大优势，总体技术力量却十分薄弱。（2）床位编制及人员编制：浪费与短缺并存。南疆地区呈现空缺人员编制的浪费与床位超负荷运转的短缺并存；北疆、东疆地区呈现人员编制短缺与床位编制浪费并存的现象。（3）基础设施及设备：大多数维吾尔医医院规模较小，5万元以下的中小型设备占到设备总量的72.79%，5万元以上的大型设备仅占设备配置的27.21%。（4）人力资源现状：维吾尔族职工总体构成比高达91.79%；卫生专业技术人员均达到80%以上，护理人员短缺的现象严重；职工学历层次偏低，高级专业技术人员仅占专业技术人员的8.88%，中初级专业技术人员比例过大，整体医疗技术力量薄弱，缺乏高端人才和学科领军人物。（5）经济运营状况：政府投入绝对值逐年增加，但在医院收入中所占比重呈下降趋势；2009年后各地区维吾尔医医院开始扭亏为盈。（6）医疗服务效率：DEA总体有效的仅为14家，67%的维吾尔医医院还存在不同程度的规模或技术有效性缺陷。结论：各地区维吾尔医医院总体发展趋势较好，各项指标总量都有所提高，医疗服务效率总体呈现规模效益递增的趋势。在今后的发展过程中还应制定适应新疆民族医药发展的政策法规，合理配置卫生资源，不断完善教育体系，制定合理的人才队伍建设规划，充分发挥特色优势，使维吾尔医学走出新疆，走向世界。