科学发展观的实质是实现和谐发展。公共财政支出效率的改善对于我国落实科学发展观、提高公共部门执政能力、构建和谐社会有重要的理论和实践意义。在混合经济和福利经济学的前提下,公共财政支出的实质是政府实施资源配置的成本,公共财政支出的效率也就是社会边际福利的改善水平,包含公共资源的配置效率和公共财政支出X-效率。本文以效率为主线,阐述和论证了符合萨穆尔森均衡的最优公共财政支出总量、结构比例的配置效率,以及符合激励与竞争的公共部门X-效率机制。然后,对我国改革开放后,尤其是“九五”时期初步建立公共财政体制框架以来财政支出效率现状进行了纵向历史和横向国际比较的分析,总结出以下问题:财政支出总量比例过高却不能满足社会公共需求,支出结构畸轻畸重,以及公共部门行政效率低下、公共财政管理不善;这些问题导致公共财政支出的经济效率未得到充分发挥,绝对贫困、相对贫困和社会公平问题未能缓解,环境和社会和谐度低等。针对存在的问题,在总结国内外研究成果和借鉴国际经验的基础上,提出了改善我国公共财政支出效率的思路和具体建议:一是公共财政支出的总量应保持在占GDP比重的30%左右,财政支出结构的大致比例保持在经济建设支出占全部财政支出的20%、社会文教26%、社会保障25%、行政管理费13%、国防支出10%、其他支出6%的总体结构比例,促进社会、环境和经济的和谐发展。二是从加快政治民主进程、优化政府职能、改革政府行政管理体制和革新公共服务供给方式等三个方面改革我国行政管理体系,通过部门综合预算改革、细化部门预算、全面推行“零基预算”、建立绩效评价结果与预算编制紧密结合的预算约束机制、推行权责发生制的政府预算会计和推进电子政务尤其是“金财”工程建设,构建以绩效预算为核心、财政监督体制为保障的公共财政管理体制,改善公共财政支出运行效率。