当前,随着我国经济发展的转型升级,促进科学科学技术研究的发展愈发重要,全国科研经费的投入量稳步增加。高等学校作为科学技术研究队伍中的一支重要力量,科研经费投入量同步增长。但在高校科研经费的使用与管理中暴露出大量问题:一方面科研经费使用不规范,套取、挪用科研经费的新闻报道屡见不鲜,引起社会强烈反响;另一方面科研经费管理流程复杂、经费使用困难等问题,降低了科研工作人员的积极性,不利于科研工作的顺利进行。因此,在高等学校科研经费管理过程中,如何在保证科研经费有效、合理使用的同时简化科研经费管理流程,减轻科研人员负担,激发科研人员的积极性,成为科研经费管理机构关注的重点。本文以通过将理论与具体案例相结合的方式,首先对高校科研经费管理研究的背景、意义进行了介绍。然后,通过文献研究的方法梳理了与高校科研经费管理相关的内部控制、流程再造等理论。其次,全面梳理案例高校包括项目立项、收入管理、票据管理、经费报销、项目结题审核等在内的科研经费管理全流程,并制作科研经费管理流程图。同时在以内部控制、流程再造理论作为理论基础的条件上,针对案例高校科研经费管理过程,通过分析发现案列高校存在内部控制意识薄弱、立项流程设计不合理、科研项目分类不准确、暂收款项过多、经费使用不及时、经费报销繁琐、票据管理制度不完善、人员配置不合理等一系列内部控制及流程不当问题。最后,为优化案案例高校的科研经费管理,提出了加强完善内部控制制度建设,利用信息技术进行流程再造等对策建议。通过对C高校科研经费管理的全流程研究,发现案例高校科研经费管理过程中存在内部控制制度不完善,流程冗杂等问题。本文针对研究发现的问题提出了改善科研经费管理的一系列具体措施,以期优化科研经费管理。对国内各高校科研经费起到“窥一斑,见全豹”的效果。对高等学校科研经费管理的完善进步有所裨益。