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DNA条形码技术是一种物种快速鉴定的方法,受到广泛关注,能够弥补传统形态学鉴定的不足,推动生物多样性研究的发展。伯克氏菌属(Burkholderia)属于变形菌门(Proteobacteria)是一类重要的革兰氏阴性细菌,报道超过60个种,广泛存在于土壤、空气及水体等环境中,部分种是动物或者植物重要的病原菌,其中包括B. gladioli pv. alliicola等在内的至少3种被列入中国进境检疫性有害生物名录。葡萄座腔菌属(Botryosphaeria)及其相关的无性世代所在的属分类复杂,可以用于分类的形态学特征较少且不稳定,难以通过形态学对其进行准确鉴定。基于以上背景,本研究以伯克氏菌属和葡萄座腔菌属为对象,开展了DNA条形码筛选及分子检测相关研究,主要结果如下：(1)伯克氏菌属DNA条形码研究:以伯克氏菌属29个种87株菌为材料进行了DNA条形码研究。以16S rRNA、gyrB、rpoD和lepA为候选基因,通过遗传距离分析、系统发育树构建和’TaxonDNA鉴定效果等方法对这4个候选基因进行了评价,结果表明16S rRNA基因种内和种间变异较小,gyrB基因种内差异最大,rpoD基因种问差异最大。基于系统发育树和’[axonDNA法鉴定成功率结果表明,lepA基因的鉴定成功率最高,可以作为伯克氏菌属DNA条形码,但是对于洋葱伯克氏菌复合种的鉴定能力需要进一步进行验证。以伯克氏菌属lepA基因为研究对象,比较DNA条形码方法,遗传距离法,基于距离的分析方法(ABGD法),基于聚类的方法(单系法)和基于特征的方法(BLOG法)。结果表明,特征法的对于75株菌的鉴定成功率为100%,高于其他三种方法,对于洋葱伯克氏菌复合种也能够有效的进行鉴定。(2)洋葱腐烂伯克氏菌的LAMP检测;针对洋葱腐烂病菌(.B. gladioli pv. alliicola) ITS序列设计了4条LAMP引物,通过优化反应温度,建立了实时LAMP及可视化LAMP检测方法。该方法特异性好,仅对Bga菌株检测呈阳性,对于与Bga同属不同种或同种不同致病型菌株,检测结果均为阴性。检测灵敏度达到1fg/μL的基因组DNA,比普通PCR灵敏度高100倍,能够用于洋葱腐烂病菌的快速检测。(3)葡萄座腔菌属DNA条形码研究：以ITS、LSU、TUB和EF-la为候选DNA条形码,利用遗传距离分析、系统发育树构建、TaxonDNA法和特征法对4个候选基因进行综合评价,结果表明,LSU基因种内和种间变异较小,EF-1α基因种内和种间差异最大。基于‘TaxonDNA法和特征值法鉴定结果表明,EF-1α基因的鉴定成功率最高,可以作为葡萄座腔菌属及其相关菌株的DNA条形码。(4)引起苹果腐烂病菌的三种葡萄座腔菌的实时荧光PCR检测：通过设计三组引物和探针,建立了快速检测三种苹果腐烂病菌B. dothidea, B. obtusa和B. stevensii的实时荧光PCR检测方法,检测灵敏度分别为10-3 ng/μL、10-3 ng/μL、10-4ng/μL。基于单一靶标的实时荧光,进一步构建了多重实时荧光PCR检测方法,检测灵敏度为10-3 ng/μL,能够实现同时对三种病原真菌的检测。