高粱蚜应答甘蔗黄叶病毒侵染的转录组学研究

来源 :福建农林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huangting198198225
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
甘蔗是世界最重要的糖料和能源作物,具有光合效率高、生物量高等特点。由黄叶病毒(sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)侵染引起的甘蔗黄叶病是甘蔗生产上的重要病害之一,由于病毒破坏叶绿体结构,造成光合能力减弱,使得蔗茎减产严重,连续多年宿根种植后,造成蔗种种性退化,而培育抗病甘蔗品种是最有效的病害防治措施之一。由于甘蔗黄叶病是通过蚜虫传播,且高粱蚜是侵染甘蔗黄叶病毒的重要介体,因此,分析高粱蚜应答SCYLV侵染的基因差异表达模式,对于利用分子育种手段培育抗病品种具有重要意义。主要结果与结论如下:1.在高粱蚜转录组中得到102 636条非重复序列基因。基于RNA-seq分析,在高粱蚜转录组数据中有5 804个基因差异表达,其中表达量上升的基因有866个,表达量下降的基因有4 938个。2.将差异表达基因富集到GO数据中注释得出:分子功能中,结合和催化活性功能注释最多。细胞组分中,细胞和细胞部分功能注释最多;生物学进程中,细胞过程和代谢过程功能注释最多。将差异基因富集到KEGG数据库中,分别在高粱蚜转录组数据中获得124条KEGG代谢通路。进一步筛选得到高粱蚜应答甘蔗黄叶病毒侵染相关的唾液分泌、基础转录因子、不饱和脂肪酸的生物合成3条代谢通路。3.通过对高粱蚜转录本数据进行分析,从3个代谢通路中筛选到12个参与介体高粱蚜与黄叶病毒相互识别及病毒复制中的关键基因。其中11个表达基因下调,1个表达基因上调。在下调差异基因中,ITPR1基因是唾液分泌代谢通路中,Ca2+信号产生及传递的关键基因,通过识别病毒的主要转导信号Ca2+对病毒进行识别;PKG基因是一种非经典分泌蛋白,对病毒的复制及运输起抑制作用;ATP1A和SLC12A2基因是基础转录因子代谢通路的关键基因,对病毒的传播和复制具有抑制作用。同时,SCD和desC基因在不饱和脂肪酸合成代谢通路中起着传输的作用,且呈下调趋势,通过抑制不饱和脂肪酸的合成抑制病毒的合成与复制。在上调差异表达基因中,ACAA1基因属于不饱和脂肪酸代谢途径关键基因,它的高表达对于病毒的免疫调节有重要作用且会抑制病毒的复制。4.采用RT-qPCR的方法对12个差异基因的进行验证,结果表明,12个差异表达基因在RT-qPCR中的差异表达倍数与转录组测序结果大体趋势一致,验证结果说明该转录组测序结果正确、可靠,且验证的基因可以为后续实验提供基础。
其他文献
目的:应用RT—PCR法检测LUNX mRNA、CK19 mRNA、CEA mRNA在非小细胞肺癌(NSCLC)患者区域性淋巴结及外周血中的表达情况并进行比较分析,探讨它们在NSCLC发生、转移及预后中的
2018年中国经济全面步入新常态,经济下行压力增大,国内企业将进入低增长周期;如果企业不能有效控制成本,必然会进入低增长高成本的“增长陷阱”,企业运营的三大核心智能是研发、营销和供应链,企业的“增长陷阱”只能从供应链管理上来解决。伴随物联网、大数据、人工智能等信息技术和管理方法的广泛应用,供应链已经进入了智慧供应链的阶段。S企业供应链的管理和信息化水平像煤矿机械行业的其他企业一样还处在比较低的水平
“十二音作曲技术”的诞生,打破了20世纪之前的传统调性体系。虽然十二音体系与许多作曲家、音乐理论家都有过紧密的关系,但是,最终是由阿诺德·勋伯格(Arnold Schoenberg)确
在希腊语中战略一词的意思是将军,即军队的最高统帅。战略是确立优势地位对资源部署的总体计划,是组织获得和维系竞争优势的总体方向。为了维系这种持续的竞争优势战略需求和
城市快速发展、城镇化的不断提高,对城市的环境卫生、交通秩序等提出了更高的要求,城市管理工作面临着新的挑战,传统的城市管理体制及管理方式已无法适应新形势下城市管理的需要,城市管理行政执法体制改革工作势在必行。本文以眉山市城市管理行政执法体制改革作为研究的主要对象,目的在于提出符合中小城市的体制改革思路,为城市管理体制改革工作提供基层实践经验,构建符合基层城管执法体制情况的改革框架。眉山市于2001年
红松籽油是从红松种籽中提取的一种天然油脂,其中含有丰富的亚油酸,油酸和皮诺敛酸等不饱和脂肪酸,其生物活性极其丰富,其中的皮诺敛酸是松籽油中特有的18个碳的不饱和脂肪酸
近年来,人们对清洁、高效、可持续能源需求的日益增长,促使研究者加快了对清洁能源储存和转化技术的研究。其中,超级电容器因具有充放电速度快、功率密度高和循环寿命长等优
目的探讨血清降钙素原(PCT)联合超敏C反应蛋白(hsCRP)抗菌药物检测在小儿支气管肺炎感染中的临床研究,为诊断小儿支气管肺炎提供临床依据。方法选取2013年6月-2015年6月在医
和谐是中国古代伦理思想史上的一个重要范畴,也是中国传统文化的根本精神。庄子和谐思想作为中国传统和谐思想的重要组成部分,主要包括三方面内容:人与自然的和谐,人与人的和