近年来，随着人类基因组计划(HGP)在世界范围内的开展，破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容，从而也促成了生物信息学的产生与发展。 生物信息学研究的一个核心问题是数据库的开发：如何收集、存储、管理与提供生物信息．目前，国际上比较重要的生物信息学数据库主要分布在欧美、日本等国。我国生物信息学数据库起步较晚，在整合生物信息学数据库及服务资源方面主要是使用国外著名生物信息资源在国内的镜象如北京大学生物信息SRS(sequence retrieval system)镜象系统等。因此，开发我国自己的生物信息学数据库具有很重要的意义。 本文主要的研究内容是通用生物信息学数据库的设计和实现。其中主要任务是建立一个通用的基于XML技术和GENE ONTOLOGY(基因本体)整合的生物信息学数据库系统。 本系统采用客户／服务体系结构，在深入研究和了解目前国际上广为应用的互连网上的各种公用生物信息学数据库的有关功能和特点之后，作者采用关系型数据库设计并建立了一个本地生物信息学数据库HDbio系统，将常用的各种生物信息学数据库如核酸序列数据库GenBank、蛋白质序列数据库SwissProt、蛋白质分子结构数据库PDB等整合到HDbio系统中。数据整合面临的一个重要问题是语义的不相容。因此本系统在设计上采用了GENE ONTOLOGY作为整合各种语意不同的数据源的手段。数据整合面临的另一个重要问题是数据格式的不相容，本系统采用XML文本将这些来自不同数据库的生物信息整合到本地的SQL