sRNA(小RNA)又叫ncRNA(非编码RNA)，广泛分布于原核生物和真核生物。迄今为止，在各种细菌中总共发现了超过200种sRNA，其中研究最充分的是大肠杆菌，发现了约80种sRNA。 sRNA涉及的功能非常丰富，从结构调节到催化作用，影响生物体的各种生理进程，包括RNA加工，mRNA稳定性及翻译，蛋白稳定性和分泌。单个sRNA就能调控多个基因并对细胞生理产生深远影响。sRNA有不同的作用机制，其中大多数与靶mRNA配对，并且需要RNA伴侣Hfq的协助。 大肠杆菌O157:H7是全球性的公共卫生威胁，它引起出血型肠炎的暴发流行，某些甚至导致溶血尿毒症而死亡。疾病的严重性，有效治疗手段的缺乏和污染食品带来潜在的大规模暴发的可能性，促使我们对O157:H7发病机制和检测手段进行研究。由于sRNA在细菌中发挥广泛作用，包括细菌毒力，所以在这里我们寻找O157:H7中的sRNA。这有助于研究O157:H7的致病性和生理学，并且开辟新途径来了解O157:H7感染的分子机制。 目前，对sRNA的研究主要采用生物信息学预测结合分子生物学实验的方法。为了寻找到有效的方法来预测大肠杆菌O157:H7全基因组中的未知sRNA基因，我们的出发点是利用一系列已知sRNA的共同特征作为参考，结合已知sRNA的转录信号和基因编码特点来确定所用的计算机策略。通过设定各种限制参数，我们在大肠杆菌O157:H7 EDL933中预测了53个sRNA编码基因，在大肠杆菌O157:H7 sakai菌株中预测了65个sRNA编码基因。这些基因均位于基因间区。接着我们对大肠杆菌O157:H7 EDL933中的49个候选sRNA进行了实验验证。所用的验证方法是杂交，包括斑点杂交和northern blot。用于杂交的寡核苷酸探针设计为与预测sRNA的序列互补，并且限制其长度。合成的探针用非放射性的地高辛进行标记，地高辛是一种核酸嵌入剂。 这里我们报道在大肠杆菌O157:H7 EDL933中发现的10个编码sRNA的基因，这些sRNA基因均在指数期表达。据我们所知，这是首次报道在大肠杆菌O157:H7中对sRNA的基因组搜寻。研究结果表明我们的方案应该也能适用于在其他细菌中寻找新的sRNA基因。