不同种群的猕猴（Macaca mulatta） MHC基因的差异性,很大程度上影响了用其作为动物模型的实验研究结果的稳定性、可靠性和可重复性。因此清晰的了解猕猴免疫遗传学背景,对于运用该种群开展各项研究是非常重要的,将为它们在生物医学研究中的应用及其遗传资源的保护提供重要的科学依据。本文以四川猕猴的7个群体为研究对象,采用变性梯度凝胶电泳（Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）和克隆测序技术分析了217个四川野生猕猴MHC-DPB1位点的exon 2的多态性,获得如下结果： 1)共检测到59个Mamu-DPB1等位基因,其中有52个为本研究中首次发现的新等位基因；从整个大猕猴群体（217个个体）来看,等位基因频率最高的是Mamu-DPB1*04 （0.068）;单独从不同地理群体来看,最高等位基因频率分别为：小金-DPB1*30（0.081）,黑水-DPB1*04（0.103）,巴中-DPB1*32（0.107）,汉源-DPB1*23（0.071）,九龙-DPB1*04（0.81）,丹巴-DPB1*04（0.071）,北川-DPB1*04（0.107）； 2)猕猴与食蟹猴MHC-DPB1外显子2氨基酸序列比对发现,在其中的51个位点,鉴定出67个物种特异性的氨基酸残基。这些残基中,有39个为Mamu-DPB1等位基因特异的氨基酸残基,其中有33个位于新发现的52个Mamu-DPB1等位基因序列中； 3)不同物种来源的DPB1等位基因系统发生树（N-J）研究发现,猕猴和其近缘物种食蟹猴（Macaca fascicularis）的DPB1等位基因间存在跨种多态（Trans-species polymorphism）现象,表明新的等位基因的出现可能是相同或近似自然选择压力下趋同进化（convergent evolution）的结果； 4) Nei-Gojibori-p计算出来单个群体平均距离由大到小为：汉源＞小金＞九龙＞北川＞丹巴＞黑水＞巴中,这反映由氨基酸差异造成的平均遗传距离汉源最高,巴中最低。由Kimura-2-parameters计算出来各个群体平均遗传距离由大到小为：汉源＞小金＞巴中＞北川＞九龙＞黑水＞丹巴,这反映出各群体内部遗传多样性汉源最高,丹巴最低。 以上结果表明,猕猴MHC-DPB1基因外显子2区域具有较高的多态性,且MHC-DPB1基因在中国猕猴群体和以前作为主要研究对象的印度猕猴群体间具有较大的差异。因此,深入分析各地理分布群之间MHC基因的遗传差异,全面揭示中国猕猴MHC基因的遗传背景,对于整个中国遗传猕猴资源的保护与开发利用都具有重要的意义。