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本研究工作主要研究了两种适合毕赤酵母工程菌株的基因缺失方法，探讨了这两种方法各自的优缺点及不同的应用。通过采用这两种方法缺失宿主菌的蛋白酶基因，研究其编码的蛋白酶对外源蛋白降解的影响。
本研究首先采用Pop-In/Pop-Out方法进行基因缺失，但由于在表达水蛭素的宿主菌毕赤酵母GS115Hir中没有合适的营养缺陷型标记，因此先对常规的Pop-In/Pop-Out的基因缺失方法进行了改进，用sh ble抗性基因替代原来的ARG4基因。通过使用改进的Pop-In/Pop-Out方法，成功地构建一株蛋白酶KEX1基因缺失毕赤酵母菌株(GS115Hir△kex1)。在相同的发酵条件下，该缺失菌株的水蛭素降解得到了明显改善。在相近的细胞湿重下，KEX1基因缺失菌株中在甲醇诱导初期完整水蛭素的含量达到了90％，到发酵结束时也有60％。而在KEX1基因未缺失的原毕赤酵母菌株GS115Hir中，完整水蛭素的含量一直只有40％左右。最终在GSll5Hir△kex1中完整水蛭素产量达到了2.4g/l，而在GSll5Hir中只有1.1g/l。
通过采用双交换基因缺失方法，本研究成功缺失了宿主菌GS115Hir中的PRC1基因。和Pop-In/Pop-Out相比，采用双交换基因缺失方法更容易筛选到阳性菌株。