南水北调工程是为了调节我国水资源分布不均,解决北方地区水资源严重短缺和生态环境恶化,促进社会、经济和生态环境协调发展的一项大型调水工程,包括东线、中线和西线三大工程。本文在研究了国内外水源地保护和利益补偿机制的研究成果和理论的基础上,对中线工程调水源头丹江口库区水源地的保护和利益补偿机制进行了深入分析。具体而言,本文的主要研究内容如下:第一章分析了丹江口水源地保护和利益补偿机制建立的缘起和意义,以及国内外学术界和实践中的研究成果。第二章分析了水源地保护及利益补偿机制的相关理论:外部性理论、公共产品理论和生态资本理论。第三章分析了丹江口库区及其上游水资源保护区的生态、社会经济现状以及库区存在的隐患,包括流域水土流失严重、点面源污染严重、水质逐渐下降等。探讨了丹江口库区水源地生态环境保护面临的主要问题:水源地保护的各利益相关者之间存在利益冲突;传统水资源管理体制制约了库区流域水资源实现高效配置。第四章提出了建立丹江口库区水源地保护利益补偿机制,以解决丹江口库区水源地保护所形成的利益分配不均衡的问题,使水源区和受水区经济社会协调发展。利用费用分析法和机会成本法计算出库区水源地及上游区域所受到的损失,作为确定利益补偿标准的参考。本章还探讨了库区水源地保护利益补偿机制应采用的补偿方式、补偿资金的融资渠道以及补偿资金的营运和监管机制,认为丹江口库区水源地保护利益补偿机制应依照“谁污染,谁治理”的原则和“谁受益,谁分摊”的原则进行生态环境保护成本的分摊,补偿方式短期内选择“输血式”的补偿方式,长期规划则应该是以“造血式”补偿为主,而融资方式是短期以政府财政转移为主、长期则需创新融资体系。第五章探讨了为确保南水北调工程目标的实现,丹江口库区水源地保护应采取的措施。提出了流域与区域相结合,加强水资源统一管理的设想、方法、途径;给出了切实保证中线水源区水资源质量的措施与建议。第六章总结了论文的主要研究结果。