健全地方政府合作机制，有效治理跨界水污染，对于我国区域经济社会的全面、协调、可持续发展以及环境友好型社会的建设有着重大的现实意义。与此同时，环太湖地区是长江三角洲的中心地带，是我国经济最发达的、工业增长速度最快的地区，健全地方政府合作机制，有效治理跨界水污染，是其继续稳步发展的助推器。太湖跨界水污染是我国目前跨界水污染的一个典型案例，其形成并非一朝一夕的事情，究其原因，太湖跨界水污染是粗放型经济发展方式、地方本位主义与单一的“行政区行政”模式共同作用下的经济社会畸形发展的产物。 这种跨界水污染凸显出的是流域管理与行政区管理体制间的矛盾，这就必然要求我们通过构建一个强有力的区域地方政府合作机制，依靠政府间的合作积极推动区域跨界水污染的治理。而环太湖地区的地方政府之间的合作并没有达到预期的效果，只是停留在地方领导人之间的不定期互动、各种会议制度与单项合作机制和组织上。本文以太湖跨界水污染问题为个案，首先考察了跨界水污染问题的形成及成因。接着分析了太湖跨界水污染治理中地方政府合作的现状及其困境，本文认为环太湖省、市政府合作困境主要在于行政体制的分割性、制度环境缺失及其协调合作组织缺位。最后本文提出了健全地方政府合作机制、有效治理太湖跨界水污染的若干思考。