目的:通过对2020年深圳市龙华区、宝安区和盐田区的3起不明原因聚集性发热疫情开展病原学检查,研究疫情病因,并分析致病菌株的分子特征以及生化、耐药和耐热情况,及其病原的传播途径,及时采取控制措施,防止疫情的蔓延与流行,为疾病的预防控制和临床治疗提供科学参考。方法:1.病原学鉴定采集疫情1（龙华区）15名患者的全血样本和咽拭子样本,并采集了13名患者发病2个月后的全血样本;采集疫情2（宝安区）7名患者的咽拭子样本;采集疫情3（盐田区）6名患者的咽拭子样本和肛拭子样本。将这3起疫情患者的咽拭子和肛拭子样本经过56℃灭菌10 min后,提取样本核酸后进行实时荧光定量多聚核苷酸链式反应以检测新型冠状病毒。利用胶体金方法,对疫情1患者全血样本进行新型冠状病毒特异性抗体的检测,以排除新型冠状病毒肺炎的可能性。对这3起不明原因发热疫情患者的咽拭子样本和肛拭子样本使用呼吸道病原体微流体芯片进行实时荧光定量多聚核苷酸链式反应方法以快速检测30种常见的病毒和9种常见的呼吸道细菌、肺炎衣原体、肺炎支原体和耶氏肺孢子虫病原体。随后对咽拭子和肛拭子样本进行分离培养,使用VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统和基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪对生长出来的可疑菌落进行鉴定,初步判断可能的致病菌。利用脉冲场凝胶电泳对可疑菌落进行进一步鉴定,以确定这3起疫情是否是由克隆株引起的爆发。对患者咽拭子和肛拭子样本中分离出的细菌进行药敏试验,探究分离株对24种抗生素的耐药谱,并设计实验对分离株的耐热性进行研究。对采集的疫情1患者的发病2个月后的全血样本,使用酶联免疫吸附试验检测是否产生相应的特异性抗体。2.宏基因组测序和全基因组测序提取患者24份咽拭子样本、3份肛拭子样本和5份全新未拆封的一次性使用病毒采样管中hanks平衡盐溶液的总核酸,进行宏基因组测序,确定样本中的物种分布,找出可能的致病菌。对分离出的31株可疑菌落提取核酸,进行全基因组测序,分析致病菌的基因组学特征。3.可疑致病菌传播媒介研究设计实时荧光定量多聚核苷酸链式反应检测患者咽拭子样本、肛拭子样本和空白样本,并对可能的传播媒介进行了检测。结果:1.病原学鉴定结果经实时荧光定量多聚核苷酸链式反应检测,这3起不明原因发热疫情患者的咽拭子样本新型冠状病毒均为阴性。胶体金法检测疫情1患者全血样本新型冠状病毒特异性抗体为阴性。实时荧光定量多聚核苷酸链式反应检测3起不明原因发热疫情患者的咽拭子样本和肛拭子样本结果排除了30种常见的病毒和9种常见的呼吸道细菌、肺炎衣原体、肺炎支原体和耶氏肺孢子虫病原体。患者的咽拭子样本和肛拭子样本均分离出了可疑菌落,VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统和基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪将这些分离株鉴定为脑膜脓毒性伊丽莎白菌。脉冲场凝胶电泳图谱显示33株菌的遗传距离很近,其中有29株是克隆株。药敏试验结果表明这些分离株对头孢菌素类、碳青霉烯类、大多数β-内酰胺类、部分青霉素类、部分氨基糖苷类和部分四环素类抗生素表现出耐药性,对部分β-内酰胺类（哌拉西林/他唑巴坦）、部分氨基糖苷类（阿米卡星）、部分四环素类（四环素）和喹诺酮类抗生素表现出敏感性。耐热试验结果表明部分细菌能在56℃条件下存活30 min。酶联免疫吸附试验检测13名患者的发病2个月后的全血样本,按蚊伊丽莎白菌特异性抗体均阴性。2.宏基因组测序和全基因组测序结果宏基因组测序结果显示患者24份咽拭子样本、3份肛拭子样本和5份全新未拆封的一次性使用病毒采样管中均含有按蚊伊丽莎白菌和戴尔福特菌,且空白样本中还有多食鞘氨醇杆菌和粪肠球菌。全基因组测序分析结果显示,大多数分离株具有高度的同源性并携带多个β-内酰胺酶基因(bla B,bla GOB和bla CME),所有分离株均未发现毒力基因。3.可疑致病菌传播媒介研究结果实时荧光定量多聚核苷酸链式反应结果显示,患者咽拭子样本、肛拭子样本和空白样本中均检测出了按蚊伊丽莎白菌,在龙华区爆发疫情的学校的蚊子中并没有检测到按蚊伊丽莎白菌。结论:1.本研究从新型冠状病毒肺炎大流行期间涉及的3起发热患者的咽拭子样本和肛拭子样本中分离出按蚊伊丽莎白菌,并未发现其它病原体。2.本研究分离的按蚊伊丽莎白菌对β-内酰胺类、硝基呋喃类、青霉素类和部分氨基糖苷类抗生素具有很强的耐药性。值得注意的是,分离出的按蚊伊丽莎白菌还具有一定程度的耐热性,因此不易被杀死,对易感人群构成重大感染风险。3.宏基因组测序结果表明,按蚊伊丽莎白菌不是这3起发热疫情的病原体,而是商业的一次性使用病毒采样管运输介质中的污染物。由于制造商提供的所有一次性使用病毒采样管均被按蚊伊丽莎白菌污染,因此污染源可能相同。目前这3起不明原因发热疫情的病因仍然不明。4.本研究强调应该使用基于DNA的测序技术将伊丽莎白菌属鉴定到物种水平。