理论实践是阿尔都塞的标志性概念。不同于把理论视为与实践相对的由概念、命题组成的知识体系的传统理解,在阿尔都塞看来,理论在本质上是生产知识的过程,这种生产性、过程性决定了理论本身就是实践的。据此,阿尔都塞对理论做了更细致的区分:作为知识生产活动本身的理论(理论实践)、作为知识体系的理论(“理论”)、作为知识生产方法论的理论(理论),三者统一于人的认识活动中。基于这一理解,阿尔都塞把马克思主义划分为科学(历史唯物主义、“理论”)和哲学(辩证唯物主义、理论)两个部分,而科学同时就是使它从它的前身——意识形态——中脱胎而出的科学的理论实践。阿尔都塞据此强调,决不能把马克思主义的科学和哲学混淆起来。但事与愿违,哲学在这里作为科学的方法论,是科学的科学,从而也是科学。这就仍然混淆了科学和哲学。更严重的是,它还具有“理论主义”色彩,淡化了马克思主义的政治性。对此,阿尔都塞作了自我批评,并把哲学重新定义为“理论领域中的阶级斗争”。通过这一修正,哲学和科学才真正区别开来,并都与政治建立了密切的联系:哲学本身是实践的、是阶级斗争在理论中的延续,科学则提供关于阶级斗争的知识;同时,哲学和科学的关系也被颠倒过来,不是科学引发哲学,而是哲学实践促成科学的断裂。表面看来,这一修正使马克思主义的科学和哲学都具有了改造世界的功能,但实际上,理论和实践在这里并没有真正统一起来。这是因为,阿尔都塞对马克思主义科学的理解并不同于马克思/恩格斯,他借鉴的是20世纪法国科学哲学和斯宾诺莎哲学的理性主义认识论,从而把历史科学仅仅当作众多学科门类之一,把历史本身也当作一个科学的对象、一个思维具体来理解。历史被科学化了,这与马克思/恩格斯建立在存在论基础上的历史科学有很大的距离。因此,阿尔都塞虽然保卫马克思心切,但不可避免地陷入了“理论主义”,他仍需要解答马克思主义科学的现实性、革命性问题。