扩增片段长度多态性(AFLP)的检测原理是基于对基因组进行限制性酶切和选择性扩增所产生的DNA片段多态性。AFLP技术结合了RFLP技术的稳定可靠性和RAPD技术的简便高效性，多态性检出率高。AFLP分析包括以下三个步骤：(i)基因组DNA的限制性内切酶消化和接头的连接；(ii)限制性片段的扩增；(iii)扩增产物的分离与检测。用这种方法，可以在不知道基因组序列信息的情况下获得直观的限制性酶切序列信息。这种方法可以使两种特异的限制性内切酶同时使用。酶切序列可以同时被检测出来，但检测效果取决于所采用的检测方法。一般一次PCR在聚丙烯酰胺凝胶电泳下可以检测出50～100条带。因此，非常适于遗传多样性分析、遗传作图、亲缘关系鉴定和分子标记研究。 鹀属隶属于雀形目鹀科，全世界共有38种，主要分布于欧洲、亚洲及北非，其中分布在中国境内的有26种，东北分布有18种。 早期鸟类分类和系统发育主要集中在外部形态及内部解剖学特征等宏观领域的研究上。随着研究的深入，发现外形较接近的类群，仅用形态学性状无法确定其系统关系，此时蛋白质和核酸分子结构检测方法被应用于分类研究中，由于近几年分子标记技术的出现使分类研究又有了新的发展。 由于AFLP技术比较复杂，对实验操作的要求较高，国内迄今未有对鹀属鸟类的AFLP研究报道，但对该鸟的核型及数量细胞分类研究已有一些报道。本研究首先在参考相关文献的基础上，对鹀属基因组AFLP指纹图谱构建的各项条件进行了优化，并建立了稳定的低成本的银染AFLP分析体系。其次选择11对选择性扩增引物进行扩增效果和多态性分析，寻找适宜鹀属鸟类基因组分析的AFLP引物。 最后对四种鹀(三道眉草鹀2只；灰头鹀5只；白头鹀5只；白眉鹀6只)进行了AFLP多态性及亲缘关系分析，探讨AFLP应用于鹀属鸟类亲缘关系分析中的可行性，取得的主要结果如下： 1.对39对引物组合进行了筛选，其中11对具有较好的多态性。共得到535个标记位点，其中429个为多态位点，多态位点比率达80.1％。 2.根据Jaccard相似性系数，构建了UPGMA系统进化树，四种鹀聚成一大类，其中三道眉草鹀与白头鹀、白眉鹀与灰头鹀分别两两相聚。结果表明，AFKP在分析鹀属遗传多样性中的应用是可行的。