行政补偿作为一种协调公共利益和私人利益矛盾冲突的现代法律制度,对规范国家权力的行使,保护相对人的财产权,进而实现对基本人权的保障有着深刻的理论和实践意义。我国虽有多年的行政补偿实践,但主要集中在对公民财产权的征收和征用方面。随着诚信政府理念的引入,信赖保护问题在行政活动中的重要性日益凸现。我国《行政许可法》首次确立了信赖利益补偿制度,但是我国学界对此问题鲜有著文论述之。本文着重探讨《行政许可法》中的信赖利益补偿问题,但并不仅局限于信赖利益补偿,而是以此为视角来考量整个行政补偿制度,进而为全面研究行政补偿制度提供理论素材。文章从理性思维角度出发,采取逻辑推理、比较和实证分析方法,对行政补偿与信赖利益补偿的一般理论进行分析。在此基础上,通过对《行政许可法》中的信赖利益保护规范的剖析,深入探讨了行政许可变更、撤回和撤销中信赖利益补偿问题,提出了应当赋予行政相对人对于行政许可撤销提起赔偿或补偿的选择权设想。最后,从立法构想、补偿范围、补偿原则和补偿程序等方面进行探讨,试图完善行政许可信赖利益补偿制度,规范行政许可行为,最大限度的保护相对人的合法权益。