在当前行政公益诉讼架构中,检察机关作为唯一的适格诉讼主体,由其办理的环境行政公益诉讼案件快速增长,且绝大多数在诉前程序结案。试点以来,诉前程序在建议和督促环保监管部门纠正环境违法、恢复受损公益、节约司法资源方面发挥了越来越重要的作用,已成为受损环境公益获得司法救济的重要途径,在环境行政公益诉讼中举足轻重。但是作为一项崭新的制度探索,诉前程序在实践中暴露出了一些问题,需要丰富和完善。本文着重通过统计数据和典型案例进行分析比较,研究其在实施中的困境难题,针对性提出建议。首先,探讨行政公益诉讼诉前程序的理论特征,总结我国诉前程序制度发展的四个阶段,探究诉前程序的特征主要有:先行适用性、方式特殊性、效力非强制性、对象特定性,进一步研究诉前程序与诉讼程序的关系。其次,通过分析数据和案例,探讨环境行政公益诉讼特别是诉前程序的线索分布、案件领域、发展趋势等,总结诉前程序案件主要有水污染、固体废物污染、同时存在多种污染、破坏矿产资源、污染环境且破坏资源等类型,研究检察建议落实和行政机关不依法履职形式判定等。再次,通过梳理法律规定,辅之案例,探究诉前程序中存在的问题主要有案件线索来源受到限制,检察建议效力不强,行政机关履职标准和责任划分不明确,未及时变更诉请或撤回起诉等,并分类进行论证。最后,针对上述问题提出建议:一是建立线索发现和举报机制,赋予强制调查手段,有效发现和核实线索;二是对检察建议进行改造提升,加强跟踪和问责,提高检察建议质量;三是采取形式标准和实质标准,合理设置履职期限,明确行政机关的履职标准和责任形式;四是检察建议对接诉讼请求,将诉前程序与诉讼程序有机衔接等。