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在浅水湖泊生态系统,水生植物是主要的初级生产者之一,其分解和矿化过程对于水体营养物质循环和能量传递具有重要的影响。在水生植物分解的整个过程中,细菌和真菌等微生物群落扮演着重要的角色,其在水生植物分解过程中的群落结构组成和多样性目前尚缺乏系统的研究。为了研究水生植物分解过程中的细菌和真菌群落多样性和组成,本研究通过在完整的沉积物和上覆水体系中添加不同的植物模拟水生植物在环境中的分解过程。本研究选择芦苇(Phragmites communis)、马来眼子菜(P. malaianus)、菱角(Trapa spp)和苦草(Vallisneria)等四种水生植物残体来开展我们的分解实验,每种植物区分根、茎和叶三部分,最后的分解体系由1-芦苇根,2-芦苇茎,3-芦苇叶,4-马来眼子菜根,5-马来眼子菜茎,6-马来眼子菜叶,7-菱角根,8-菱角茎,9-菱角叶,10-苦草根,11-苦草叶,12-对照组等12个分解柱组成。分解体系培养一直持续30d,室内采样分别为0d、10d、20d和30d等四个时间点。利用基于聚合酶链式反应的分子指纹图谱技术—末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism, T-RFLP)研究了水生植物分解过程中水体和表层沉积细菌群落结构和多样性,结果发现水生植物的分解对细菌群落结构和多样性有明显影响,并且由于植物的根、茎和叶的分解速率不同,对细菌群落结构的影响也有明显的差异,尤其是芦苇叶分解过程中群落结构和多样性变化最明显。采用高通量454测序方法来鉴定30d表层沉积物中细菌群落组成,结果发现水生植物分解过程中表层沉积物中优势细菌群落是β-变形菌成员(β-Proteobacteria),尤其在芦苇叶和菱角叶的分解过程中相对比例更高。还包括α-变形菌,γ-变形菌,δ-变形菌,绿弯菌门(Chloroflexi),酸杆菌门(Acidobacteria),放线菌(Actinobacteria),拟杆菌(Bacteroidetes),浮霉菌门(Planctomycetes)。另外,本研究在选择适合扩增真菌18S rRNA基因特异性引物的基础上,通过构建克隆文库,研究了水生植物分解过程中的水体和表层沉积物真菌群落结构和多样性,结果显示引物对nu-SSU-0817/nu-SSU-1536和nu-SSU-0817/nu-SSU-1196更适合扩增真菌18S rRNA基因；水体中的真菌类群主要是担子菌(Basidiomycota),而表层沉积物中壶菌(Chytridiomycota)占优势。本研究让我们更加深入的认识定植在不同植物中细菌和真菌群落,以及植物的不同分解速率是细菌和真菌群落的发育和演替的一个重要因素。