目的:编码RNA失调是导致肿瘤的重要因素。研究在肝细胞癌(HCC)侵袭性边缘异常表达且与肿瘤生物学行为及患者预后相关的mRNA具有一定意义。方法:我们对GEO数据库中数据进行差异表达分析,使用热图和层次聚类对分析结果进行验证。Venn分析筛选出在HCC中心和侵袭性边缘同时上调与下调的DEG,并对这些DEG进行了功能、通路富集及蛋白相互作用分析。对筛选出的潜在重要DEG在TCGA数据库中进行验证,并研究了这些DEG表达值与HCC患者生存及分期的关系。最后我们在临床样本以及Huh7、HCCLM3及L02细胞株中对侵袭性边缘具有特征性高表达的CDC45进行了验证。结果:我们在HCC中心筛选出1981个DEG,在HCC侵袭性边缘筛选出382个DEG。301个DEG在HCC中心与HCC侵袭性边缘表现出相同的上调/下调趋势,CDC45在侵袭性边缘的表达水平高于HCC中心。这301个DEG主要富集于有丝分裂,信号转导,细胞周期,p53通路及其他涉及肿瘤的信号通路。潜在关键mRNA经TCGA数据库中数据验证,证明CDC45、FAM83D、AURKB、TPX2,CHEK1的表达在HCC中异常上调,这些DEG的上调与降低的总体生存时间(OS)和进展的AJCC TNM分期相关。最后,CDC45在侵袭性边缘的异常高表达水平(高于HCC中心)在临床样本中得到验证,且肝癌细胞株Huh7、HCCLM3中同样出现CDC45表达水平升高。结论:本研究发现了HCC中的差异表达mRNA存在肿瘤组织中空间分布上的差异,这些差异可预测出特定的生物学功能,且在一定程度上反映了患者的生存时间和肿瘤分期。此项研究可能为HCC的术后管理和精准治疗提供新的思路。