本实验对黑龙江、河北、山东、山西、陕西、内蒙、甘肃、大连等不同产地，及黑龙江、江西、陕西等不同种类(野生、人工种植)的黄芩样本共20份进行了DNA指纹分析，并对质量的高低与DNA指纹图谱的相关性进行了研究。 　　1、从100个RAPD引物和30个ISSR引物中分别筛选出12和6个扩增条带清晰，扩增结果稳定的引物。其中，3个RAPD引物和2个ISSR引物扩增出的条带可以将高、中、低纬度的黄芩分开。用筛选出的引物对所有黄芩样本进行PCR扩增，得到DNA指纹图谱，同时对电泳条带进行基于遗传相似度的聚类分析。从DNA指纹图中可见高、中、低纬度的黄芩内部用同一引物扩增出的条带基本相同；在高、中、低纬度的黄芩之间，仅有少数引物得到可以明确区分三者的不同条带。计算不同居群内部的遗传相似度为0.936(高纬度)、0.954(中纬度)、0.892(低纬度)。这与指纹图显示的信息一致，即不同纬度黄芩间的遗传有一定的变异，而居群内部的变异很小。 　　2、采用高效液相色谱法(中国药典2000年版一部黄芩标准中含量的测定方法)及毛细管电泳法，分别测定黄芩中黄芩苷的含量，经方法学验证，两种方法均符合要求，具有较好的相关性(r=0.9621)。产于河北承德的野生黄芩中黄芩苷含量最高，平均为18.5％。产于黑龙江及江西、陕西的野生及人工栽培品种含量比较结果，黑龙江野生品种与人工种植品种相比含量相近；江西、陕西的人工种植品种黄芩苷含量明显高于当地野生品种。 　　3、DNA指纹图谱与质量相关性研究结果表明：虽然不同品种的同一引物扩增出的条带基本相同，但有少数引物扩增出的条带在黄芩苷含量高低品种间有明显区别。质量好、含量高的DNA指纹图谱具有一条特异带，而其他的黄芩无此带。 　　4、中国中、北部地区(黑龙江、河北、内蒙为中心)是黄芩的主产区，产量高、质量好。