近年来我国港口企业发展迅猛,新增产能维持在高位且未能有效消化,造成的产能过剩、效率低下等问题较为严重。港口一方面可以促进地区经济发展,但同时也不可避免地需要消耗大量资源并对地区环境造成较大负面影响。目前,我国已倡导建设“资源节约型、环境友好型”港口,要实现港口企业的可持续发展,减少对环境的污染是必不可少的。因此,无论是从港口运营的角度还是从港口可持续发展的角度来看,如何评价并提高港口效率都至关重要。首先,本文通过文献的梳理,全面深入地分析港口效率评价的研究现状,并介绍了港口效率评价相关理论基础。其次,深入分析影响港口效率的能源投入、劳动投入、资产投入、期望产出和非期望产出等因素,并把港口这一“黑盒”系统打开,将其内部网络结构划分为生产运营阶段和服务变现阶段,根据实际情况将能源投入与非期望产出划入生产运营阶段,五类影响因素与港口内部网络结构共同组成了两阶段港口效率评价指标体系,实现了对现有理论的丰富和完善。然后,将非期望产出网络SBM模型作为两阶段港口效率评价模型,将港口内部网络结构、松弛量影响、能源投入和非期望产出因素一同纳入考虑,对上海港2008年至2017年的实际情况进行效率测算,评价结果表明,运用两阶段港口效率评价理论和非期望产出网络SBM模型对港口效率进行评价是现实可行的;同时,上海港应把坚持提升服务变现阶段效率、控制能源投入量和二氧化碳排放量作为下一步工作的重点。研究结果为上海港进一步提升效率指明了方向,也对其他港口发展具备一定借鉴和参考意义。