本研究选用3个线粒体基因（COI,ND5和Cytb）和1个核基因片段（EF-1a）,对黑弄蝶所有分布区的27个地理种群110个样本进行测序及分析,运用“谱系地理学”的原理和方法,检测其在现在分布区的遗传结构,并结合地质活动和第四纪冰期回旋事件,推测其可能存在的冰期避难所及探讨影响种群分布格局和产生遗传分化的成因。主要结果如下:1.序列变异分析显示,串联的线粒体基因（COI+Cytb+ND5）比对后的分析长度为2226bp,其中变异位点（Variable sites,V）146个,简约信息位点（parsimony information sites,Pi）93个。基于146个突变位点共定义53个单倍型,其中,H1,H3,H4,H6,H7和H10为种内不同种群间共享单倍型,其余单倍型均为种群间特有单倍型。总体单倍型多样性为0.969,核苷酸多样性为0.0089。2.不同地区两两种群间遗传分化系数(F_ST)和基因流（Nm）计算结果显示大部分种群间基因交流匮乏,种群间遗传分化显著。3.分子系统树和单倍型网络图分析,不支持黑弄蝶四个亚种的分类观点,同时也不支持三种型说法,而认为外部形态特征的变异可能是由栖息地的片段化及生境的异质性引起的。4.分子方差（AMOVA）分析结果显示,黑弄蝶绝大多数的遗传变异存在于种群内,种群间的遗传变异很小。Mantel检验显示种群间的遗传距离和地理距离之间有显著的相关性（r=0.0452,P=0.0388）,表明地理隔离是造成黑弄蝶物种-种内群体间产生较高的遗传分化水平的原因。5.基于合并基因单倍型网络图和溯祖理论,推测华南地区和秦岭山区可能是黑弄蝶在冰期时的两个潜在避难所。6.黑弄蝶在中国大陆,中国台湾,西南地区,朝鲜和日本的分布是由地理隔离所致,分子钟估算隔离事件发生在更新世晚期,这个时间恰好与晚更新世气候转型的时间相耦合。7.晚更新世构造运动（共和运动）和第四纪冰期回旋等一系列地质事件所偶联的温度变化可能是造成黑弄蝶物种-种群现今谱系分布格局的成因。