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随着在科技创新体系中高校的重要性不断加大，所占的比重逐年增长，以及国家对高校科研资源的投入不断增加，近些年，高校科研投入产出的情况越来越受到人们的重视与关注。高校面临着如何合理的利用科研资源，以及如何提高科研效率的问题。科研投入产出效率是科研管理的重要内容也是衡量科研活动效果如何的重要标准。对高校科研投入产出效率进行研究，可以帮助高校改善科研管理，促进高校科研的发展，因此，有必要对高校科研投入产出效率进行相关的研究与分析，以此为高校科投入产出效率的提高提供方向和相关依据。 本文采用数据包络分析方法(DEA)，以28所省属211高校为研究对象，对这些高校进行DEA有效性分析，并对非DEA有效的高校进行投入冗余和产出不足分析，找出改善的措施，采用基于DEA模型的Malmquist指数对这些高校进行跨期生产效率研究，以期对这些高校进行科研投入产出效率的静态和动态的全面研究，得出相关结论: 1.在对这些高校进行DEA有效性分析时，发现有11所高校属于DEA有效，占总数的39％，有17所高校属于非DEA有效，占总数的61％。在规模效率方面，有11所高校处于规模报酬不变的状态，达到了理想状态;有17所高校处于规模报酬无效的状态，其中10所高校处于规模报酬递减的状态，7所高校处于规模报酬递增的状态。 2.根据投影分析原理，对非DEA有效的高校进行分析，找出其中的投入冗余和产出不足的方面，并计算投入方面可减少的数量和产出方面可增加的数量，并根据DEA模型的相关原理计算出可改善的目标值。 3.利用基于DEA模型的Malmquist指数对这些高校进行跨期生产效率研究，这些高校的科研投入产出效率并非持续性增长，上升、下降交替进行。2009-2010年间28所省属211高校生产效率变动的主要原因是技术效率的变动。2010-2011年间，28所省属211高校生产效率变动的主要原因是技术进步效率的变动。