甘蓝型油菜红花花色基因的初步定位及候选基因的筛选

来源 :江西农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gustczh
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油菜是我国的主要油料作物之一,种植历史悠久。近年来,随着油菜花旅游的迅速发展,油菜发展为一种重要的观光型植物。做观赏时,油菜花花色较为单一的问题严重地影响了油菜花旅游产业的持续发展。本研究拟用黄花的甘蓝型油菜中双11号为亲本1(P1),以从四川什邡皂角科技园引进的花粉与中双11号杂交自己选育出的红花油菜(H121)为亲本2(P2),杂交获得F1代,F1代自交获得F2代,构建了含有212株F2单株的CRY1和含有1985株F2单株的CRY2两个群体。对CRY1和CRY2两个群体进行红花花色基因初步定位及候选基因的筛选,探索花色的遗传规律,为培育油菜新花色,促进油菜花产业的持续发展奠定理论基础。我们通过BSA测序与KASP分子标记开发相结合的方法,对CRY1和CRY2两个群体进行红花花色基因定位及候选基因的筛选。主要研究结果如下:1.通过两个亲本单株和两个极端花色单株分别构建混池,共得到了4个混池。然后构建了4个DNA文库,进行全基因组重测序。测序发现4个混池的reads中质量值大于20的碱基和reads的总长度的比值都大于96.95%,基于此认为我们获得的测序数据质量值较高。发现有效测序深度最小为35.81X,参考基因组被均匀覆盖。同时检测满足位点总深度需大于等于5的SNP,计算两个极端表型混池的SNP index值。最终找到delta index值位于99%置信区间之外的区段用于后续QTL定位。共获得5个区段,分别位于A7染色体的20177747-21621382bp区段,C3染色体的19-20M和50-51M区段,C8染色体的1-4M和16-19M区段。2.遗传连锁标记的开发,共在5个候选区段上开发了13个紧密连锁的KASP遗传标记,位于A7染色体上的KASP引物分别为bn-2044、bn-2062、bn-2118、A7-206-3、A7-211-1和A7-211-2;位于C3染色体上的KASP引物分别为C3-261和C3-263-2;位于C8染色体上的KASP引物分别是C8-175、C8-215、C8-226、C8-258-2和C8-258-3。3.构建了三个局部遗传连锁图,其中A7染色体上的6个特异性标记构建一个连锁图谱,其中标记间最小图距位于A7-211-1和A7-211-2之间,距离为0.323c M,最大图距位于bn-2044和bn-2118之间,距离为23.771c M。C3染色体上只有两标记,其遗传距离为2.7 c M,C8染色体上也只有两个标记用于构建遗传连锁图谱,其遗传距离为18.9 c M。4.QTL检测发现在A7染色体上有一个QTL,位于标记A7-211-2和bn-2118之间,LOD值为14.1644,将这个QTL命名为Honghua A7,根据比对结果得到的物理位置信息,最终将QTL定位于甘蓝型油菜A7的21140986-21186265bp区间内,区间大小45Kb。而在C3和C8染色体上没有定位到QTL,可能是由于标记比较少,区间跨度大,所以需要进一步加密。对Honghua A7进行表型贡献率分析,发现其表型贡献率为29.8%,由此推断Honghua A7是控制甘蓝型油菜红花性状的主效QTL。5.通过候选基因筛选发现在A7染色体上的候选区间内的基因LOC106353928在双亲之间存在明显的差异。其中最明显的是红花材料亲本2比黄花材料亲本1以及参考基因序列在第一个外显子上游插入了一个19bp的序列。从翻译水平上看,P1上有6个开放阅读ORF,而P2上只有5个ORF,其中只有前两ORF相同。通过SMART分析发现LOC106353928基因在P1和P2都有一个Pfam:UMP1,它是一种短期的伴侣,存在于20S蛋白酶体的前体形式中,在成熟复合体中不存在。Ump1是蛋白酶体正确组装和酶激活所必需的。Ump1似乎在形成时被蛋白酶体降解。而P2上多了一个跨膜结构域和两个重复序列,两亲本之间存在明显差异,可能是由于跨膜结构域的存在,使得油菜花色从黄色转变为红色。综上所述,我们将控制红花性状的基因定位在A7染色体上的21140986-21186265bp区间内,区间大小45Kb。在这个区间内筛选到一个控制红花性状的候选基因LOC106353928,它是一个细胞周期蛋白的类似基因,由此推测,影响花色的基因不仅仅是色素代谢相关的基因,为花色研究提供了一个新的思路。
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