改革开放以来我国第三部门从无到有,犹如凤凰涅槃,浴火重生,飞速发展。第三部门以其独特的作用,穿梭于政府与社会公众之间,为公民社会的发展所做出的贡献有目共睹。但由于受到我国目前特有的政治,经济,文化,法律等因素的制约,第三部门在与政府的关系发展中其独立性不断受到侵蚀,主要表现在以下几个方面：组织由政府部门转型而来；人事管理受到政府干预；组织资源配置仍仰赖政府的“输血”；组织隶属上挂靠政府部门；组织功能上凸显政府行政职能的延伸；组织准入困难,管理体制复杂。这些困难使其独特作用愈加难以发挥,这一扭曲现象越来越受到社会的关注,有必要对其进行相应的调整。在借鉴国外保持第三部门相对独立性的许多合理做法并且结合我国当前的实际情况,本文探索了一系列提升我国第三部门相对独立性的方法。政府部门要做到的是：改革与创新社会管理体制,转变政府职能；充分而必要的授权；突破零和博弈,建立伙伴关系；转变政府部门人员的观念；增强法制,改善监督；大力扶植第三部门组织发育；加强公民参与的积极性。而第三部门自身也需要加强组织自身建设做到强化组织认同；保持资金来源的平衡,多元化：加强组织人力资源建设；增强国内外第三部门之间交流与联系等方面。