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养麦(Buckwheat)是寥科(Polygonaceae)荞麦属(Fagopyrum Mill)的双子叶植物,由于其全面的营养成分和药用价值,使得荞麦的产品、制品已经深入到人们的日常生活。荞麦作为一种小宗作物,目前在我国已命名的荞麦共有23个种,其中,仅甜荞和苦荞两个为栽培种,其余均为野生种,这些野生种大多分布在我国的西南地区。本研究基于核基因组中的ITS序列及叶绿体中的ndhF-rpl32序列对从我国西南地区收集到的10个(亚、变)种及1个栽培苦荞的变型共71份材料的遗传多样性进行研究,主要结果如下:1.荞麦ITS和ndhF-rpl32序列的特征:在ITS序列中,变异主要发生在ITS1区和ITS2区,其信息位点所占比率分别为38.5%和43%,而5.8S的信息位点仅占10.3%;在ndhF-rpl32序列中,信息位点占19.6%。由此可见,5.8S rDNA比较保守,其次为ndhF-rpl32序列,ITS1和ITS2的变异程度较高。2.依据ITS和ndhF-rpl32序列构建的系统发育树:本研究通过2种不同的算法来构建系统发育树,分别为邻接法和最大简约法,采用邻接法构建的2个系统发育树都能将71份荞麦材料分为大粒组和小粒组两个类群,其中,大粒组类群包括栽培苦荞、米苦荞、野生甜荞、栽培甜荞、金荞复合物。小粒种类群包括齿翅野荞、疏穗小野荞、小野荞、密毛野荞、细柄野荞和硬枝万年荞。在大粒组类群中,金荞复合物、栽培苦荞(包括米苦荞)、栽培甜荞(包括野生甜荞)又聚为三支;在小粒组类群中,疏穗小野荞可独自形成一个分支,齿翅野荞、小野荞、密毛野荞和细柄野荞聚为一支。最大简约法构建的系统发育树中,金荞复合物、栽培甜荞(包括野生甜荞)、栽培苦荞(包括米苦荞)、疏穗小野荞均可以单独聚为一支,但并不像邻接法能将71份材料分为两大类群。两个方法构建系统发育树各有优势,邻接法适用于遗传距离较小,信息位点比例小的短序列;最大简约法适用于进化速率相近,同时信息位点比例高的长序列。3.荞麦属植物的种间亲缘关系:在ITS和ndhF-rpl32序列中,无论是采用邻接法还是最大简约法,结果都显示,栽培苦荞和金荞复合物之间的亲缘关系较栽培甜荞与金荞复合物之间的亲缘关系更近。小粒组中的齿翅野荞、小野荞、密毛野荞和细柄野荞这四个种的亲缘关系较近,这与它们在形态学上的表现一致。在大粒组中,栽培苦荞的变异完全覆盖了米苦荞,这与米苦荞仅是栽培苦荞的一个变异类型相符合;同时野生甜荞与栽培甜荞的亲缘关系较近。4.大粒组荞麦ITS2序列的SNP位点分析:从GenBank中下载了 21条大粒组荞麦的ITS2序列,并与收集到的26份大粒组荞麦的ITS2序列共同分析,发现存在稳定的SNP位点,可用于金荞复合物、甜荞(含栽培甜荞和野生甜荞)和栽培苦荞的鉴定。