【摘 要】
：
病毒感染寄主组织是通过其表面特定的蛋白与感染胞体外表的蛋白之间的互作来完成的,当寄主的组织被侵染后,病毒会使用寄主的化合物来完成基因组的复制、蛋白质的合成、新病毒颗粒的组装、释放等过程,所以预测病毒蛋白质-宿主蛋白质的互作关系对于揭示病毒感染寄主机制有重大意义。那么,如何预测病毒-宿主蛋白的相互作用是当前生物信息领域所面对的重大挑战。预测蛋白质之间相互作用的方法主要有生物学方法和计算学方法两种,传
论文部分内容阅读
病毒感染寄主组织是通过其表面特定的蛋白与感染胞体外表的蛋白之间的互作来完成的,当寄主的组织被侵染后,病毒会使用寄主的化合物来完成基因组的复制、蛋白质的合成、新病毒颗粒的组装、释放等过程,所以预测病毒蛋白质-宿主蛋白质的互作关系对于揭示病毒感染寄主机制有重大意义。那么,如何预测病毒-宿主蛋白的相互作用是当前生物信息领域所面对的重大挑战。预测蛋白质之间相互作用的方法主要有生物学方法和计算学方法两种,传统的生物学方法通过生物实验进行,比较浪费时间,所以基于计算学的方法目前被越来越多的研究人员用来预测关联关系。基于计算学的方法不但可以利用病毒-宿主互作网路来预测,还可以借助病毒或者寄主的一些生物学上的信息来进行预测。单纯依靠蛋白质相关信息的计算学方法是利用蛋白质的相关信息来实现的,忽略了蛋白相互作用网络的拓扑结构,预测结果不理想。仅仅依靠病毒-宿主关联网络预测的效果也不是十分的明显。针对上面的问题,本论文研究了基于基因本体的预测方法和基于相互作用网络的预测方法（NGRHMDA和NCPHMDA）,在这个基础上通过加权高斯核相似性和GO术语相似性并融合了NGRHMDA和NCPHMDA算法的优点提出了基于蛋白质相关信息（GO）和网络拓扑结构的病毒-宿主蛋白相互作用预测模型VHPIPGTNT。实验结果显示:VHPIPGTNT在zika＿virus、HIV、SARS2和HCV验证集上的AUC值和AUPR值均在0.85以上,我们还将VHPIPGTNT与NCPHMDA、NGRHMDA、HGIMDA和KATZHMDA进行比较,VHPIPGTNT的AUC值和AUPR值均高于对比方法。最后,虽然现有的病毒-宿主相互作用数据库有很多,并且已经有人集成多个病毒-宿主相互作用数据库构建了VHDB,但是VHDB缺乏冠状病毒-宿主蛋白的相互作用,同时还存在架构设计不合理的问题。因此本论文在VHDB的基础上对病毒-宿主相互作用数据及其相关数据进行了整理并构建了病毒-宿主蛋白相互作用知识库VHPPIDB,VHPPIDB实现了浏览、搜索、病毒-宿主蛋白相互作用可视化、提交和统计等功能。
其他文献
水作为反应溶剂相比于传统有机溶剂具有安全、廉价、无毒、无污染等特点。水相有机反应通过以水作为反应介质,可以避免有机溶剂的使用,从而解决有机溶剂带来的毒性、易燃易爆性以及对环境的危害问题,是绿色化学的重要研究方向。喹唑啉酮类化合物是一种在天然产物、合成药物和生物成像等领域有着重要的应用的有机中间体。由于喹唑啉酮类化合物的重要价值,其合成研究一直受到重视,但传统的合成方法不仅需要苛刻的反应条件,或者使
苦咸水淡化已经成为解决目前国内外淡水资源短缺以及提供清洁安全的生活、生产用水的有效途径之一。纳滤膜以其低运行成本和优越的截留性能,确立了它在苦咸水淡化领域中的重要地位。但是传统的薄膜复合（TFC）纳滤膜在渗透性和选择性之间存在的“权衡”效应,“权衡”效应的存在限制了纳滤膜的进一步发展。此外,纳滤膜还面临浓差极化和膜污染等问题,膜污染会引起渗透通量的衰减,缩短膜的使用寿命。因此,在不牺牲选择性的前提
半导体光催化技术,是一种以半导体材料为催化剂,利用太阳光能催化降解有机污染物、光解水制备H2和催化还原CO2制备CH4等清洁能源的新兴技术,在治理环境污染和解决能源短缺这两大问题上具有非常广阔的发展前景,受到人们的广泛关注。半导体光催化材料的性能高低,受材料的光吸收能力、光生载流子分离效率、传递效率、光生载流子氧化还原能力等多种因素影响。根据文献报道,掺杂过渡金属离子引入缺陷、构建Z型异质结是提升
碳化硼（B4C）具有密度低、熔点高、超高硬度、热电性能优异以及良好的中子吸收能力等特点,被广泛应用于核工业、磨料、军工、电子和工程结构件等领域。然而,碳化硼强共价键结合的特点,使B4C陶瓷具有难烧结、难致密和断裂韧性低等缺点,严重限制了B4C陶瓷在工程领域和军工领域的应用。为了解决上述问题,本文通过引入第二相的方法改善B4C的烧结性能,向B4C基体中引入铝（Al）或碳纳米管（CNTs）来制备碳化硼
金属有机骨架（MOFs）由于其具有孔道结构可调节、组装方式多样性、网络结构丰富、结构稳定等特性,而受到广泛关注。MOFs在气相催化、气体存储与分离、质子传导、生物成像、小分子传感等领域具有广泛的应用前景。近年来,以功能特性为导向,许多具有新颖结构的MOFs不断被获得,例如以荧光检测为导向,许多具有优异发光性能的MOFs已经被开发出来,并用来检测各种对环境和人体有害的小分子化合物、硝基爆炸物、阴阳离
SiC陶瓷材料具有密度低、强度高、硬度大、耐高温、导热快等诸多优点,在航空航天等领域中具有十分广阔的应用前景。但是SiC陶瓷材料断裂韧性较低以及常压烧结难致密等缺点极大的限制其在实际中的大规模化生产应用。而相比于其他增韧方式,颗粒增韧制备工艺简单,生产成本较低,更适用于大规模工业化生产。本文通过SiC陶瓷基体中引入SiC纳米颗粒来提高常压烧结SiC陶瓷的致密性和断裂韧性,并对SiC纳米颗粒的作用机
海洋蕴藏着丰富的能源,开发海洋资源是解决人口增长和资源枯竭的必由之路。随着海洋强国战略的提出,我国开发海洋的速度不断加快。水下无人有缆机器人（Remotely Operated Vehicle,ROV）凭借其良好的机动性和深水作业能力,日渐成为海洋结构物检测维修和水下救援中的重要工具。它可以代替潜水员执行水下复杂环境的探测和维修作业,同时可以深入海洋深处进行资源观测和勘探。水下钻孔作业是海洋结构物
工业化进程的加快造成了严峻的能源和环境问题,对人类健康产生严重的威胁。太阳光取之不尽用之不竭,具有环保、可持续等优点,得到了广泛的关注。而基于太阳光的光催化技术能够有效解决资源和能源问题。二氧化钛（TiO2）作为最早被发现的光催化材料,具有高储量、低毒性、高催化活性等优势,促进了光催化领域的发展。常见的TiO2以纳米颗粒的形式被利用,但要实现催化剂的循环利用,就要对催化剂进行固液分离。不但增加处理
人工智能、大数据等技术的发展对计算性能的要求逐步提高,然而,晶体管和存储单元的开发已经达到了微型化的上限。解决方式之一是利用能够在极化和磁化两种状态下进行信息存储的多铁材料,通过每一变量的正负调控以实现四种存储状态。但多铁材料数量少、磁电有序发生温度低等一系列问题阻碍了其在内存设备中的实际应用。近期,六甲基苯中CH3+和卤化铵（NH4X,X=Cl,Br,I）中NH4+周期性运动导致的磁有序被报道,
捕食者-食饵模型一直是生物数学领域中的热点研究模型之一,生物种群生存与灭绝条件的研究对生态学具有重要意义。本文研究两类随机Leslie-Gower捕食者-食饵模型的一系列动力学性质。绪论里介绍了Leslie-Gower捕食者-食饵模型的由来,以及学者们对一些确定性和随机Leslie-Gower模型的研究。本文借助了遍历不变概率测度的Lyapunov指数这一概念研究两类模型。第二章研究了一个具有Be