目的:从WCX2、IMAC3这两种芯片中选择合适的应用于肝癌血清蛋白质指纹图谱研究的芯片种类。用SELDI蛋白质芯片技术检测慢性肝病患者与肝细胞癌(HCC)患者血清蛋白质谱的差异性表达,以发现HCC的早期诊断标志物。方法:选择肝癌患者和慢性肝病患者各7例,采用WCX2、IMAC3这两种芯片,经表面增强激光解析离子化飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)测定蛋白质谱,筛选适合本实验血清的较佳蛋白质芯片。运用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术分析检测44例HCC患者,55例慢性肝病患者,获得蛋白芯片表达图谱,并用Biomarker Wizard和BiomarkerPatterns System3.2软件对数据进行分析,建立诊断模型。结果:WCX2建立的蛋白质指纹图谱蛋白峰比较多,而IMAC-3-Cu建立的蛋白峰比较少。从44例肝癌血清样本,55例慢性肝病患者血清样本中,经蛋白指纹图谱分析后到190个蛋白峰,其中117个在肝癌与慢性肝病组的差异有显著意义(P＜0.05)。与慢性肝病组血清蛋白质谱相比,肝癌病人血清中有39个标志分子高表达,78个标志分子低表达。利用这117个差异蛋白建立诊断模型,其诊断肝癌的灵敏度为95.5%(42/44),特异度为92.7%(51/55)。结论:WCX2芯片能得到更多的区别于肝癌和慢性肝病患者的有显著意义的M/Z的峰值,能更好的应用于肝癌血清蛋白指纹图谱的研究。SELDI蛋白芯片技术结合生物信息学技术检测HCC早期标志物灵敏度高,特异性好,临床应用前景广阔。