科学技术对于一国经济发展越来越重要，而研发投资对于科学技术的发展同样越发不可或缺。对于中国的制造业来说，如何有效激励高管积极扩大企业的研发投资，并积极使得投入研发的资源得到充分利用，实现企业可持续增长和价值增值成为理论界与实务界共同面临的重要课题。本文的研究意义在尽量控制其他各种外部内部因素的情况下，探讨不同的薪酬机制与研发投资效率的关系。本文首先将对研发投资效率与全要素生产率建立逻辑关系，以全要素生产率增长率代表研发投资效率。继而对全要素生产率进行估算，目的是研究中国制造业上市公司平均高管薪酬的相对高低与长短期激励方式对研发投资效率的影响。通过本文研究发现，中国制造业上市公司基本符合原始C-D函数的特征，即劳动与资本的弹性之和为1。在控制诸如固定资产投入量、员工薪酬、研发投入量等因素后，本文发现，企业短期的平均高管薪酬比行业相对偏高对研发投资效率的影响并不显著，而企业采用长期股权激励方式对研发投资效率有显著的积极影响，具体表现为全要素生产率增长率的提高。