2006年我国制定了《农民专业合作社法》。该法直接规定农民专业合作社是法人，并对其从设立到运营等一系列过程进行规范，同时加大了政府对其的各种资金支持与政策优惠。然而当下农民专业合作社正处于蓬勃发展期，法律又有一定的滞后性，因此现阶段其在发展中难免会出现各种各样的问题。诸如合作社社员资格、合作社财产的盈余分配，合作社的登记等问题。本文立足于农民专业合作社的基本理论，重点讨论了其社员资格方面、财产权方面、主体登记方面的问题。其中在社员资格方面，笔者认为，现行的《农民专业合作社法》对社员资格的限制过于严格，这在当前农民专业合作社资金不足、人员缺乏等问题存在的环境下，将不利于农民专业合作社的发展壮大，因此，笔者建议变革现有的农民身份的认定，放宽对合作社关联性方面的限制，为特殊行为能力人保留社员资格的规定。在合作社财产权方面，笔者认为现行的合作社财产权制度不仅存在着出资的不稳定性，而且盈余分配制度方面不合理。笔者建议进一步完善社员在出资、退社等方面的法律法规，建立最低资本金制度，同时土地承包经营权可以以非货币的方式出资，对于其他非货币财产出资的评估应由专业的评估机构来办理。在盈余分配方面，笔者建议，建立灵活的、多种分配模式的盈余分配机制。在合作社主体登记方面，笔者认为，由于不同人对农民专业中的“专业”理解不一，农民专业合作社的经营范围难以把握。由于合作社登记监管的宽松，导致部分人虚假登记合作社诈骗国家财政补贴，甚至利用合作社进行高利放贷、非法集资等违法行为。针对农民专业合作社经营范围的问题，笔者建议，制定明确的登记行业目录，改变由人们对同一问题的不同认识所导致的专业合作社经营范围认知不一样的问题。对于部分人虚假注册登记合作社的行为，笔者建议：首先，采用形式审查与实质审查相结合的方式对农民专业合作社注册登记进行审查，其次，加强对登记后合作社的监管，如建立定期回访等制度。