哈密瓜性喜温耐热,但近年来,早春设施常常发生低温冷害现象,对其幼苗的生长发育造成很大的影响,给后期的生产也造成了巨大的经济损失,而苗期是冷害的关键时期,筛选和培育苗期耐冷性强的品种,对抵御低温冷害和保证哈密瓜幼苗成活及后期的产量和质量具有重要意义。本研究以课题组搜集和保存的14份哈密瓜资源为试验材料,采用人工模拟低温的方法,对14份资源的耐冷性以隶属函数进行综合评价。筛选出耐冷性强的资源,对其在不同低温胁迫时间下的生理指标进行测定,还进行转录组测序,分析其在不同低温胁迫下的生理指标变化及差异表达基因,并利用加权共表达网络分析（WGCNA）方法,进一步精确耐冷相关基因。得出以下结论:（1）通过综合D值对14份哈密瓜资源进行聚类分析,将其分为3类,其中‘比斜克其’等为耐冷性强的资源,‘阿克陶1号’等6份资源为中度耐冷资源,‘阿克期’等7份资源为冷敏感资源。（2）对耐低温资源‘比斜克其’通过4℃动态低温胁迫,发现电导率、可溶性糖、可溶性蛋白、游离脯氨酸含量随着低温处理时间的增加而升高;SOD酶活性先下降后上升,POD活性一直升高。低温胁迫致使总叶绿素、叶绿素a和叶绿素b含量均呈先增后减再增的趋势,随着低温处理时间的增加,哈密瓜耐冷资源的抗氧化能力和渗透调节能力也随之增强,明确了耐低温资源生理指标的响应规律。（3）对‘比斜克其’通过4℃动态低温胁迫的转录组差异分析表明,随着低温胁迫时间的增加,差异基因的数量也随之增加。低温胁迫8h时检测到1600个差异基因;胁迫24h时检测到2437个差异基因;胁迫48h检测到4810个差异基因;胁迫72h时检测到6581个差异基因。对DEGs通过KEGG富集分析结果表明,MAPK信号传导途径-植物、昼夜节律-植物、黄酮和黄酮醇的生物合成、单萜类化合物的生物合成途径在4个时期都富集到,说明这4个通路可能与耐冷相关。（4）采用WGCNA分析方法结合生理数据与转录组数据,共鉴定到21个特异性模块,其中Blue模块的基因表达与各生理指标显著正相关,并在该模块中鉴定出了30个Hub基因,为后续研究提供了重要的候选基因。从30个Hub基因中选取了12个基因进行q RT-PCR的验证,结果表明12个基因的表达量与转录组测序的FPKM值具有相同的表达模式且呈极显著相关水平。