目的探讨RUNX3、p21^WAF1/CIP1、cyclinD1蛋白在人类肝细胞性肝癌（HCC）与其癌旁组织中的表达差异;RUNX3、p21^WAF1/CIP1、cyclinD1蛋白在HCC组织中表达的相关性;RUNX3、p21^WAF1/CIP1、cyclinD1蛋白表达与临床病理相关因素之间的关系。方法收集临床43例HCC患者手术切除的癌组织及其癌旁组织标本,用免疫印迹（Western Blot）技术检测癌及癌旁组织中基因RUNX3、p21^WAF1/CIP1、cyclinD1蛋白的表达,并收集相关临床病理资料,使用SPSS16.0统计软件对相关数据进行统计学分析。结果RUNX3蛋白在肝癌组织标本中表达明显低于在癌旁组织中的表达,两组比较差异有统计学意义（P<0.05）;p21^WAF1/CIP1蛋白在肝癌组织标本中的表达明显低于在癌旁组织中的表达,两组比较差异有统计学意义（P<0.05）;CyclinD1蛋白在肝癌组织中表达高于癌旁组织,两者比较有显著性差异（P<0.001）。RUNX3蛋白相对表达量与性别、年龄、HBsAg、AFP、肿瘤大小、静脉癌栓无明显关系（P>0.05）,与TNM分期及组织分化程度有关（P<0.05）;p21^WAF1/CIP1蛋白相对表达量与性别、年龄、HBsAg、AFP、肿瘤大小、静脉癌栓、TNM分期无明显关系（P>0.05）,与组织分化程度有关（P<0.05）;cyclinD1蛋白相对表达量与性别、年龄、HBsAg、AFP、肿瘤大小、静脉癌栓无明显关系（P>0.05）,与TNM分期及组织分化程度有关（P<0.05）。肝癌组织中RUNX3蛋白表达与p21^WAF1/CIP1蛋白表达成正相关（r=0.696, P<0.001）;RUNX3蛋白表达与cyclinD1蛋白表达成负相关性（r=-0.435, P<0.05）;p21^WAF1/CIP1蛋白表达与cyclinD1蛋白表达成负相关性（r=-0.328, P<0.05）。结论RUNX3和p21^WAF1/CIP1基因在HCC组织中蛋白的表达低于癌旁组织、cyclinD1基因在HCC组织中蛋白的表达高于癌旁组织,三者的表达异常与HCC发生有关;RUNX3与p21^WAF1/CIP1蛋白表达正相关,与cyclinD1蛋白表达负相关,p21^WAF1/CIP1与cyclinD1蛋白表达呈负相关, RUNX3与p21^WAF1/CIP1、cyclinD1基因表达关系密切,且与HCC发生、发展有关;RUNX3、cyclinD1蛋白表达与HCC的病理分化及临床分期有关,p21^WAF1/CIP1蛋白表达与HCC的病理分化有关,联合检测RUNX3、p21^WAF1/CIP1和cyclinD1蛋白的表达可能会对判断HCC病理分级和临床分期有一定参考价值。