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水产养殖为世界提供了将近三分之一的食物，其中软体动物养殖产量在全球水产养殖中居第二位，80%-90%来自中国和日本。栉孔扇贝和海湾扇贝是中国重要的养殖品种，但是在过去的几十年间，由于频繁爆发的疾病使中国的扇贝养殖业遭受了巨大的经济损失，因此有必要通过分子手段加快抗病品种的培育步伐。标记辅助育种（marker assisted selection，MAS）是成功应用于动物育种中的分子手段之一，但由于缺乏与抗病性状相关的标记，MAS目前还无法在软体动物中得到应用。因此，寻找与抗病性状相关的分子标记是在软体动物中发展MAS的关键。本研究利用鳗弧菌（Listonella anguillarum）对栉孔扇贝和海湾扇贝进行攻毒感染实验，初步得到敏感群体和抗病群体后采用PCR、PCR-RFLP和Tetra ARMs PCR等方法研究了CfPGRP、CfLGBP、AiSPI和AiDef基因多态性及其与扇贝对鳗弧菌抗性/敏感性的关系。肽聚糖识别蛋白（PGRP）和脂多糖和β-1,3-葡聚糖结合蛋白（CfLGBP）作为模式识别受体，在固有免疫中发挥重要作用。本研究对栉孔扇贝CfPGRP和CfLGBP的基因多态性及其与扇贝对鳗弧菌的抗性进行了关联分析。在CfLGBP和CfPGRP基因中分别发现8个和12个多态性位点，其中CfLGBP的脂多糖和葡聚糖结合蛋白基序中有两个非同义突变（+4407位点和+4408位点），而在CfPGRP的肽聚糖识别蛋白结合基序中有一个非同义突变（+7679）。这三个位点在抗病群体和敏感群体中的分布存在显著性差异（P <0.05），CfPGRP基因的+4407CT基因型和+4408G/A基因型，CfLGBP基因的+7679G/G基因型与栉孔扇贝对鳗弧菌的抗性相关。为了验证这个结果，利用酶联免疫吸附实验分别检测了LPS, PGN和β-glucan与不同基因型的PGRP和LGBP蛋白间的结合活性。结果表明，两种基因型的蛋白与相应配体的结合活性具有显著性差异（P <0.05）。另外检测了不同基因型的PGRP的抗菌活性，尽管两种基因型的PGRP都能抑制大肠杆菌的生长，但两种之间无显著性差异（P>0.05）。总之，CfPGRP基因的+4407CT基因型和+4408G/A基因型，CfLGBP基因的+7679G/G基因型与栉孔扇贝对鳗弧菌的抗性相关。CfPGRP和CfLGBP基因多态影响了病原相关分子模式的结合活性，但并没有影响抗菌活性。这些结果表明这3个位点可以作为潜在的分子标记应用于扇贝抗病育种中。同时，我们检测了AiSPI和AiDef基因部分序列的多态性，并对其与抗病性的关系进行了探讨。在AiSPI基因中找到9处SNPs位点，其中5处为非同义突变；在获得的AiDef基因部分序列中没有发现多态性位点。选取AiSPI基因的两处多态性位点，+536和+1312进行抗病相关性分析。结果表明+536A-G多态性位点与扇贝对鳗弧菌的抗性/敏感性显著相关，+536A/A基因型在抗病群体中的分布显著高于敏感群体（P <0.05）；而+1312C-T位点与与扇贝对鳗弧菌的抗性/敏感性不相关（P>0.05）。具有+536A/A基因型的AiSPI基因编码的蛋白，rAiSPI (N)具有较强的体外丝氨酸蛋白酶活性（P <0.05）。但这个结果仍需要进一步的体内实验来证实。这些结果将为贝类的标记辅助育种提供参考。此外，抗病相关分子标记的发现还有利于加深对扇贝发病机理的理解，并有助于发掘预防及治疗贝类疾病的新方法。