猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)是猪流行性腹泻病(porcine epidemic diarrhea, PED)的病原,属于冠状病毒科,为有囊膜,单股正链RNA病毒。该病是一种急性、高度接触性的传染病,以严重肠炎、呕吐和水样腹泻为特征,对我国养猪产业造成严重的经济损失。2010-2012年,PED在免疫猪场的再次爆发说明我国流行毒株可能发生了变异,导致疫苗免疫效果下降,因此对我国流行毒株进行系统进化分析,比较疫苗株与野毒株之间的差异,有利于更具保护力的新型疫苗的开发。首先,建立了PEDV的实时荧光定量PCR检测方法并应用于PEDV细胞培养物中病毒拷贝数的检测。根据PEDV M基因保守序列设计合成一对引物和探针,通过反应条件和反应体系的优化,成功建立了TaqMan实时荧光定量PCR (FQ-PCR)检测方法,该方法具有特异、灵敏、快速等优点,在101-109拷贝/u1之间具有良好的线性关系,相关系数达到0.99以上,扩增效率在90%-110%之间。其次,本研究根据GenBank上登录的PEDV参考株CV777(AF353511)的基因组序列设计合成22对引物,扩增3株野毒株和1株细胞适应株进行了全基因组序列,之后与GenBank上登录的PEDV毒株进行比对分析,构建系统进化树。结果表明,多数我国流行毒株位于同一亚群中且与疫苗株CV777的遗传进化距离较远。